





中国农业科学 ›› 2026, Vol. 59 ›› Issue (10): 2088-2108.doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2026.10.003
宋裕祯1(
), Bheel Chander Kumar1, 张颖星1, 王跃1, Santra Dipak Kumar2, 曹晓宁1,3(
), 王瑞云1(
)
收稿日期:2025-10-20
接受日期:2026-01-19
出版日期:2026-05-16
发布日期:2026-05-20
通信作者:
联系方式:
宋裕祯,E-mail:yuzhen_song@163.com。
基金资助:
SONG YuZhen1(
), BHEEL Chander Kumar1, ZHANG YingXing1, WANG Yue1, SANTRA Dipak Kumar2, CAO XiaoNing1,3(
), WANG RuiYun1(
)
Received:2025-10-20
Accepted:2026-01-19
Published:2026-05-16
Online:2026-05-20
摘要:
【目的】核因子Y(nuclear factor Y,NF-Y)转录因子通过特异性结合靶基因启动子区CCAAT元件调控表达,在植物应对干旱、盐碱等非生物胁迫中起作用。黍子抗旱耐瘠,是盐碱地、边际土地不可或缺的作物,解析黍子NF-Y基因家族功能,为丰富作物耐逆遗传理论、推动抗旱育种实践提供依据。【方法】利用黍子基因组数据和生物信息学方法,鉴定NF-Y家族成员,分析理化性质,构建系统进化树,分析保守结构域、基因结构和启动子顺式作用元件。用实时荧光定量PCR鉴定基因在不同部位的表达,并通过拟南芥转基因功能验证PmNF-YA8在干旱胁迫下的表达特征。【结果】基于黍子参考基因组鉴定出33个PmNF-Y基因,包括11个PmNF-YA、12个PmNF-YB和10个PmNF-YC亚家族成员,蛋白长度为122—571个氨基酸,等电点为4.74—10.19,分子量为13.58—59.17 kDa。染色体定位显示,33个基因(PmNF-YA1—PmNF-YA11、PmNF-YB1—PmNF-YB12和PmNF-YC1—PmNF-YC10)分布于15条染色体。在PmNF-Y家族成员的启动子区域预测到2种干旱胁迫响应元件。黍子与3种植物(拟南芥、水稻和玉米)的NF-Y直系同源基因对分别为3、47和59个。RT-qPCR分析表明,PmNF-Y基因在根、茎、叶等组织中广泛表达。干旱胁迫后,PmNF-YA8在小红黍和宁糜9号中均上调表达。经300 mmol·L-1甘露醇胁迫后,过表达PmNF-YA8株系平均根长(14.03 mm)大于野生型拟南芥(9.07 mm),且MDA增幅(55.23%—57.12%)低于野生型(100.78%),SOD、POD活性分别增加24.28%—27.43%和163.57%—341.33%,Pro含量(151.31—175.14 μg·g-1)高于野生型(143.78 μg·g-1)。【结论】在黍子中鉴定出33个NF-Y家族成员,从黍子中克隆了PmNF-YA8,异源表达PmNF-YA8通过调节胁迫相关基因的表达,增强了拟南芥植株对干旱胁迫的耐受性,可作为调控黍子抗旱性的重要候选基因。
宋裕祯, Bheel Chander Kumar, 张颖星, 王跃, Santra Dipak Kumar, 曹晓宁, 王瑞云. 黍子NF-Y基因家族的鉴定及PmNF-YA8的功能分析[J]. 中国农业科学, 2026, 59(10): 2088-2108.
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表1
试验所用引物"
| 引物名称 Primer name | 正向引物 Forward primer (5′-3′) | 反向引物 Reverse primer (5′-3′) | 用途 Usage |
|---|---|---|---|
| PmActin | TGACTGTGCTGTCCTCATCA | GTTGCAGCAGCAAATCATCT | 实时荧光定量PCR RT-qPCR |
| qPmNF-YA1 | AATGAAGCGAGTTCGTGGA | GTTGAGGGCGAGTGAGATG | |
| qPmNF-YA2 | GGCTGCCACCAAGAGAGG | AATGGTGACTGCAGCGCT | |
| qPmNF-YA3 | ATTTCTCCCTATGGCACTCA | CAGGCTCCTCCGATACTTCA | |
| qPmNF-YA4 | TGCTATGGCGTGCTTACCAC | GGAGGATGCCTTCGTACTG | |
| qPmNF-YA5 | ACAGCAGCCTCAATGGACA | CCCAAAGGACGATACAGTC | |
| qPmNF-YA6 | TGGGCACACCATCAGCTG | GTCCACCGTAAGCCGCAT | |
| qPmNF-YA7 | ATGCGCCCTCAACGTGAA | GGAGCTGTGGCCTCTGTG | |
| qPmNF-YA8 | GGAAGCATAATCAGGACA | ATAAGGAAGACAAGCAAAA | |
| qPmNF-YA9 | CTGATTATGTGGCTCCCT | ATGGCATTGTATTGTTTTG | |
| qPmNF-YA10 | AGCAAGAAGCCCCAGTTA | GCATCAGTAGGCAAAGGT | |
| qPmNF-YA11 | TGAAGGATGCTGGTGGAG | AGATGCTGCTTGGGTTGC | |
| qPmNF-YB1 | TACCTGCCGATCGCGAAC | CCTGCACCGTCTCCTTGG | |
| qPmNF-YB2 | GAGTGCGTCTCCGAGTT | CGCCGTTGATGGTCTTG | |
| qPmNF-YB3 | TACCTGCCGATCGCCAAC | CACTCGCTTCGCTGGTGA | |
| qPmNF-YB4 | AAGATCGCCAAGGACGCC | GGCACTTGTCACTCGCCT | |
| qPmNF-YB5 | ACCATCCAAGAGTGCGCC | GGCGTAGTGATCGAGGCC | |
| qPmNF-YB6 | CAGCCGTTACCAGCAGA | TAGTAGTGGCGCGATCC | |
| qPmNF-YB7 | GCAGCCGTTACCAGCAGA | CGTCGGCGTAGAATCCCC | |
| qPmNF-YB8 | GTGACTGGCGAGGCGAA | AGGAAGGCGTTGAGGGG | |
| qPmNF-YB9 | CAGGAGTGCGTGTCCGAG | CTGAGCGGCTCGACGTAG | |
| qPmNF-YB10 | AGGAGTGCGTGTCCGAGT | CGGTAGCGGTGGAGGTAG | |
| qPmNF-YB11 | GTGCGTCTCCGAGTTCAT | TCCTTGTGGCACTTGTCG | |
| qPmNF-YB12 | GCGCGCCAAGGAGACTAT | ATGGCAGATGTCGTCGCC | |
| qPmNF-YC1 | CGCACCACCACCTGCTC | CGCTTGTTCTCCTCGGC | |
| qPmNF-YC2 | CACCACCACCTGCTCCAG | TTGAAGTCCGACGCCGAC | |
| qPmNF-YC3 | TGCAGATGTTCTGGGCGG | TCTTGATGCGGGCGAGTG | |
| qPmNF-YC4 | CCCAGCAATTTCACCAA | CCGCACATCCTCATCAG | |
| qPmNF-YC5 | GCCCCACCTGATGCACAT | GCGGTTCCTGCTGTTCCT | |
| qPmNF-YC6 | AGGTGCCAGGTGGAGGAA | CAGCCACTTCCACGCAGA | |
| qPmNF-YC7 | GCAGATGCCACCAGGAGG | GATCGTTGCTGCTGCTGC | |
| qPmNF-YC8 | GAGGCCACCACCGACTTC | ATCATGCGGACGTCCTCG | |
| qPmNF-YC9 | GATGATCTCCGGCGAGGC | TCTTCTGCACGGCCATGG | |
| qPmNF-YC10 | TGGCGCGCATCAAGAAGA | CGTGAGCTCGGCGATGAA | |
| 121PmNF-YA8 | GGACTCTAGAGGATCCCC TTGTAATGCCTAAGCTTTTAC | CGATCGGGGAAATTCGAG TCACCTAACCAGCTTTGCT | 同源重组 Homologous recombination |
| 35S | GACGCACAATCCCACTATCC | 抗性鉴定 Resistance identification |
表2
黍子NF-Y家族成员的基本信息"
| 基因 Gene | 基因编号 Gene ID | 氨基酸数量 Number of amino acids | 等电点 Isoelectric point | 分子量 Molecular weight (kDa) | 不稳定指数 Instability index | 脂肪系数 Aliphatic index | 平均亲水性 Average of hydropathicity | 亚细胞定位 Subcellular localization |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PmNF-YA1 | C2845_PM01G17820 | 256 | 9.60 | 28.31 | 61.41 | 56.84 | -0.630 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YA2 | C2845_PM01G33930 | 349 | 9.21 | 37.18 | 58.84 | 51.63 | -0.677 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YA3 | C2845_PM02G01810 | 248 | 9.93 | 27.07 | 50.70 | 54.80 | -0.931 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YA4 | C2845_PM02G06470 | 347 | 9.45 | 37.10 | 58.46 | 56.43 | -0.607 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YA5 | C2845_PM02G23560 | 298 | 9.92 | 32.87 | 69.12 | 49.43 | -0.893 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YA6 | C2845_PM03G20210 | 263 | 10.19 | 27.43 | 56.57 | 63.04 | -0.458 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YA7 | C2845_PM04G02880 | 571 | 6.20 | 59.17 | 45.78 | 67.57 | -0.364 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YA8 | C2845_PM04G32230 | 270 | 9.37 | 29.23 | 62.03 | 52.44 | -0.942 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YA9 | C2845_PM05G01850 | 214 | 7.99 | 23.25 | 68.48 | 47.99 | -1.077 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YA10 | C2845_PM06G33940 | 214 | 6.90 | 23.41 | 71.31 | 49.35 | -1.076 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YA11 | C2845_PM06G34350 | 331 | 8.75 | 35.57 | 55.26 | 69.91 | -0.442 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB1 | C2845_PM03G12450 | 213 | 6.52 | 22.44 | 46.84 | 51.41 | -0.646 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB2 | C2845_PM04G32110 | 213 | 6.21 | 22.38 | 45.04 | 52.35 | -0.596 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB3 | C2845_PM05G28680 | 140 | 5.19 | 15.37 | 47.18 | 62.07 | -0.736 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB4 | C2845_PM06G19180 | 128 | 6.59 | 13.62 | 54.43 | 71.02 | -0.489 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB5 | C2845_PM07G34040 | 160 | 6.43 | 17.87 | 58.91 | 64.81 | -0.796 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB6 | C2845_PM09G10960 | 312 | 9.33 | 34.30 | 55.77 | 78.53 | -0.123 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB7 | C2845_PM09G10970 | 232 | 9.75 | 25.59 | 73.17 | 56.16 | -0.563 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB8 | C2845_PM10G11050 | 221 | 9.46 | 23.92 | 63.28 | 57.06 | -0.517 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB9 | C2845_PM11G27440 | 267 | 6.56 | 28.23 | 39.53 | 55.02 | -0.535 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB10 | C2845_PM12G25720 | 257 | 6.48 | 27.42 | 39.06 | 54.09 | -0.588 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB11 | C2845_PM14G13570 | 171 | 6.06 | 17.96 | 48.20 | 46.90 | -0.723 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YB12 | C2845_PM14G13580 | 161 | 6.32 | 18.12 | 62.00 | 64.41 | -0.869 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YC1 | C2845_PM01G09450 | 245 | 5.33 | 25.92 | 64.92 | 65.59 | -0.340 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YC2 | C2845_PM02G31560 | 249 | 5.21 | 26.20 | 64.62 | 64.90 | -0.331 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YC3 | C2845_PM04G19400 | 185 | 5.36 | 19.75 | 54.25 | 80.70 | -0.068 | 细胞质Cytoplasm细胞核Nucleus |
| PmNF-YC4 | C2845_PM09G13720 | 122 | 5.89 | 14.56 | 65.50 | 85.57 | -0.534 | 细胞质Cytoplasm细胞核Nucleus |
| PmNF-YC5 | C2845_PM09G21000 | 246 | 5.13 | 27.37 | 77.54 | 72.32 | -0.531 | 细胞质Cytoplasm细胞核Nucleus |
| PmNF-YC6 | C2845_PM10G18480 | 144 | 4.74 | 16.23 | 86.95 | 69.79 | -0.599 | 细胞质Cytoplasm细胞核Nucleus |
| PmNF-YC7 | C2845_PM12G04070 | 169 | 4.83 | 19.24 | 83.24 | 69.88 | -0.631 | 细胞质Cytoplasm细胞核Nucleus |
| PmNF-YC8 | C2845_PM13G21210 | 208 | 5.61 | 22.27 | 54.51 | 69.33 | -0.262 | 细胞核Nucleus |
| PmNF-YC9 | C2845_PM15G26460 | 128 | 6.83 | 13.58 | 40.01 | 76.41 | -0.148 | 细胞质Cytoplasm细胞核Nucleus |
| PmNF-YC10 | C2845_PM16G24450 | 128 | 6.83 | 13.65 | 37.29 | 76.41 | -0.198 | 细胞质Cytoplasm细胞核Nucleus |
表3
黍子PmNF-Y基因的复制分析"
| 重复基因对 Duplicated gene pairs | 非同义替换率 Ka | 同义替换率 Ks | Ka/Ks | 选择类型 Selective type | 分化时间 Differentiation time (Mya) |
|---|---|---|---|---|---|
| PmNF-YA2/PmNF-YA4 | 0.0410 | 0.0766 | 0.5356 | 纯化选择Purifying selection | 5.89 |
| PmNF-YC1/PmNF-YC2 | 0.0091 | 0.0686 | 0.1328 | 纯化选择Purifying selection | 5.28 |
| PmNF-YA1/PmNF-YA5 | 0.0336 | 0.1395 | 0.2407 | 纯化选择Purifying selection | 10.73 |
| PmNF-YA2/PmNF-YA6 | 0.5211 | 1.1394 | 0.4574 | 纯化选择Purifying selection | 87.64 |
| PmNF-YA1/PmNF-YA8 | 0.3022 | 0.9316 | 0.3243 | 纯化选择Purifying selection | 71.66 |
| PmNF-YA4/PmNF-YA6 | 0.5262 | 1.2798 | 0.4112 | 纯化选择Purifying selection | 98.44 |
| PmNF-YA5/PmNF-YA8 | 0.3351 | 1.0048 | 0.3335 | 纯化选择Purifying selection | 77.29 |
| PmNF-YA4/PmNF-YA7 | 0.4815 | 1.3161 | 0.3659 | 纯化选择Purifying selection | 101.24 |
| PmNF-YA6/PmNF-YA7 | 0.0578 | 0.0769 | 0.7513 | 纯化选择Purifying selection | 5.91 |
| PmNF-YB1/PmNF-YB2 | 0.0213 | 0.0548 | 0.3890 | 纯化选择Purifying selection | 4.22 |
| PmNF-YC3/PmNF-YC8 | 0.0759 | 0.5250 | 0.1445 | 纯化选择Purifying selection | 40.38 |
| PmNF-YA9/PmNF-YA10 | 0.0123 | 0.0338 | 0.3643 | 纯化选择Purifying selection | 2.60 |
| PmNF-YB5/PmNF-YB11 | 0.4304 | 0.7383 | 0.5830 | 纯化选择Purifying selection | 56.79 |
| PmNF-YC5/PmNF-YC6 | 0.0122 | 0.1303 | 0.0933 | 纯化选择Purifying selection | 10.02 |
| PmNF-YB6/PmNF-YB8 | 0.0618 | 0.1902 | 0.3248 | 纯化选择Purifying selection | 14.63 |
| PmNF-YC5/PmNF-YC7 | 0.0919 | 0.9224 | 0.0996 | 纯化选择Purifying selection | 70.96 |
| PmNF-YC6/PmNF-YC7 | 0.1018 | 1.1412 | 0.0892 | 纯化选择Purifying selection | 87.79 |
| PmNF-YC9/PmNF-YC10 | 0.0141 | 0.0756 | 0.1863 | 纯化选择Purifying selection | 5.82 |
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