中国农业科学 ›› 2024, Vol. 57 ›› Issue (12): 2265-2281.doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2024.12.001
曹丽茹1(), 叶飞宇1(
), 库丽霞2, 马晨晨1, 庞芸芸1, 梁小菡1, 张新1(
), 鲁晓民1(
)
收稿日期:
2023-11-15
接受日期:
2024-01-12
出版日期:
2024-06-16
发布日期:
2024-06-25
通信作者:
联系方式:
曹丽茹,E-mail:caoliru008@126.com。叶飞宇,E-mail:18838971380@163.com。曹丽茹和叶飞宇为同等贡献作者。
基金资助:
CAO LiRu1(), YE FeiYu1(
), KU LiXia2, MA ChenChen1, PANG YunYun1, LIANG XiaoHan1, ZHANG Xin1(
), LU XiaoMin1(
)
Received:
2023-11-15
Accepted:
2024-01-12
Published:
2024-06-16
Online:
2024-06-25
摘要:
【目的】 挖掘玉米抗旱关键基因、揭示其抗旱分子机制,为培育抗旱玉米新品种提供基因资源和理论指导。【方法】 采用转录组数据结合加权基因共表达网络(weighted gene co-expression network,WGCNA)与抗旱性生理生化指标的筛选方法,鉴定与抗旱和复水相关的ZmPAL基因。利用生物信息学方法对编码PAL的基因进行全基因组分析。运用实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测ZmPAL基因在干旱处理条件下的表达情况,以及ZmPAL5在不同自交系间的表达特性和在不同组织中的表达模式。最后,利用遗传转化分析ZmPAL5在玉米中的抗旱功能,并借助CRISPR/Cas9技术对PAL5同源基因进行缺失型拟南芥突变体的抗旱性分析。【结果】 鉴定了19个玉米ZmPAL基因,其中6个基因聚集在第5染色体上,其编码蛋白多为亲水性酸性蛋白,且PAL家族基因的进化相对保守。ZmPAL基因启动子区域含有大量与激素和非生物应激响应相关的顺式作用元件。确定了6个核心基因,其中4个基因在干旱处理后显著上调表达。尤其是ZmPAL5在干旱胁迫后表达量增加了8.57倍。在干旱胁迫和复水处理条件下,发现抗旱自交系郑8713中ZmPAL5的表达水平显著高于旱敏感自交系B73。同时,ZmPAL5是一个组成型表达基因,在幼茎中表现出高水平的表达。过表达ZmPAL5玉米在干旱胁迫下生长良好,其相对含水量、木质素、叶绿素、可溶性蛋白、脯氨酸含量,以及超氧化物歧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶和抗坏血酸过氧化物酶的活性分别是野生型的1.52、1.49、1.47、1.43、1.44、1.41、1.53、1.41和1.35倍,但丙二醛含量是野生型的0.65倍。PAL5缺失型拟南芥突变体对干旱敏感。在干旱胁迫下,其生理生化指标与过表达ZmPAL5玉米的指标变化趋势相反。【结论】 筛选出6个响应干旱胁迫的核心基因(ZmPAL3、ZmPAL5、ZmPAL6、ZmPAL8、ZmPAL11和ZmPAL13),其中,ZmPAL5的表达量与抗旱性呈正相关。ZmPAL5通过影响渗透调节物质含量和抗氧化酶活性正向调节植物的抗旱性和恢复能力。
曹丽茹, 叶飞宇, 库丽霞, 马晨晨, 庞芸芸, 梁小菡, 张新, 鲁晓民. 玉米苯丙氨酸解氨酶(PAL)家族基因分析及ZmPAL5的功能研究[J]. 中国农业科学, 2024, 57(12): 2265-2281.
CAO LiRu, YE FeiYu, KU LiXia, MA ChenChen, PANG YunYun, LIANG XiaoHan, ZHANG Xin, LU XiaoMin. Analysis of Maize Phenylalanine Ammonia-Lyase (PAL) Family Genes and Functional Study of ZmPAL5[J]. Scientia Agricultura Sinica, 2024, 57(12): 2265-2281.
表1
基因的qRT-PCR引物"
引物名称Primer name | 引物序列Primer sequence (5′-3′) | 用途Purpose |
---|---|---|
ZmPAL3-F | TCGGATTCACTGGCTTGCTG | 检测基因在干旱胁迫下的表达量 Detection of gene expression under drought stress |
ZmPAL3-R | GAGGATTGGACCGAAGTGGTA | |
ZmPAL5-F | ATGAACGGCACCGACAGCTA | |
ZmPAL5-R | CAGGGTGTTGATGCGGACGA | |
ZmPAL6-F | AGTGCTAGTGCTGCTACCCT | |
ZmPAL6-R | TGTGATGATGCTGATGCGGT | |
ZmPAL8-F | TCACCGTGTTCTTGACGGAG | |
ZmPAL8-R | TCCTCAAGCTCATGTCGTCC | |
ZmPAL11-F | TGGCCCTCGTGCAAAGTATC | |
ZmPAL11-R | TTGGTTTCCCATCTGGCGAT | |
ZmPAL13-F | ACGCGCCAGCATTGAGGAA | |
ZmPAL13-R | TGATGAACGGCACCGACAG | |
18S-F | CCTGCGGCTTAATTGACTC | 内参基因Reference gene |
18S-R | GTTAGCAGGCTGAGGTCTGG | |
ZmPAL5-WMV013-BamHI-F | AGGTCGACTCTAGAGGATCCATGGAGTGCGAGAACGGACA | 构建玉米ZmPAL5过表达载体 Construction of maize ZmPAL5 overexpression vector |
ZmPAL5-WMV013-SmaI-R | TCTTTGTAGTCCATCCCGGGGCCTCCACCCCCGCCACCGCAGATGGGCAGGGGCTCAC | |
AT3G10340-PKI1.1R-F | ATTGGACAGTTATGGAGTTACCAC | 构建拟南芥CRISPR/Cas9敲除载体及菌落验证 Construction of an Arabidopsis CRISPR/Cas9 knockout vector and colony validation |
AT3G10340-PKI1.1R-R | AAACGTGGTAACTCCATAACTGTC | |
U6.26-F | TGTCCCAGGATTAGAATGATTAGGC |
表2
玉米ZmPAL蛋白的理化性质分析及亚细胞定位预测"
基因名称 Gene name | 基因ID Gene ID | 物理位置 Location (bp) | 长度 Length (aa) | 分子量 Molecular weight (kDa) | 等电点 pI | 亲水性系数 Grand average of hydropathicity | 亚细胞定位预测 Prediction of subcellular localization |
---|---|---|---|---|---|---|---|
ZmPAL1 | Zm00001d029015 | Chr.1:54941440-54943661 | 398 | 43.19 | 6.52 | -0.033 | 细胞质,叶绿体 Cytoplasmic, Chloroplast |
ZmPAL2 | Zm00001d029648 | Chr.1:81308232-81312047 | 848 | 95.13 | 5.82 | -0.293 | 叶绿体Chloroplast |
ZmPAL3 | Zm00001d031071 | Chr.1:175969709-175971563 | 386 | 43.31 | 9.05 | -0.214 | 叶绿体,线粒体 Chloroplast, Mitochondrial |
ZmPAL4 | Zm00001d033286 | Chr.1:257622515-257624760 | 698 | 75.66 | 5.85 | -0.04 | 质膜Plasma membrane |
ZmPAL5 | Zm00001d003015 | Chr.2:29467931-29470598 | 715 | 76.78 | 5.63 | -0.079 | 叶绿体,质膜,内质网 Chloroplast, Plasma membrane, Endoplasmic reticulum |
ZmPAL6 | Zm00001d003016 | Chr.2:29538173-29541434 | 884 | 96.71 | 5.99 | -0.195 | 质膜,叶绿体,线粒体 Plasma membrane, Chloroplast, Mitochondrial |
ZmPAL7 | Zm00001d048874 | Chr.4:6825874-6829872 | 778 | 87.89 | 5.30 | -0.296 | 细胞质Cytoplasmic |
ZmPAL8 | Zm00001d051161 | Chr.4:146706971-146710589 | 557 | 60.43 | 6.02 | -0.055 | 叶绿体Chloroplast |
ZmPAL9 | Zm00001d051163 | Chr.4:146793740-146798809 | 718 | 77.43 | 6.12 | -0.121 | 叶绿体,内质网 Chloroplast, Endoplasmic reticulum |
ZmPAL10 | Zm00001d051166 | Chr.4:146846109-146848259 | 775 | 84.54 | 5.37 | -0.163 | 叶绿体,质膜,细胞核 Chloroplast, Plasma membrane, Nuclear |
ZmPAL11 | Zm00001d013534 | Chr.5:13763873-13782041 | 187 | 20.48 | 7.64 | -0.441 | 叶绿体,线粒体 Chloroplast, Mitochondrial |
ZmPAL12 | Zm00001d017274 | Chr.5:191418711-191422345 | 703 | 75.46 | 5.96 | -0.069 | 叶绿体,质膜,内质网 Chloroplast, Plasma membrane, Endoplasmic reticulum |
ZmPAL13 | Zm00001d017275 | Chr.5:191467430-191471500 | 719 | 77.4 | 6.20 | -0.100 | 叶绿体,内质网 Chloroplast, Endoplasmic reticulum |
ZmPAL14 | Zm00001d017276 | Chr.5:191474696-191476810 | 704 | 75.84 | 5.89 | -0.066 | 叶绿体,内质网,细胞核 Chloroplast, Endoplasmic reticulum, Nuclear |
ZmPAL15 | Zm00001d017279 | Chr.5:191539072-191541219 | 715 | 76.93 | 5.89 | -0.083 | 叶绿体,质膜,细胞核 Chloroplast, Plasma membrane, Nuclear |
ZmPAL16 | Zm00001d017617 | Chr.5:201803815-201807716 | 87 | 9.29 | 5.25 | -0.266 | 叶绿体Chloroplast |
ZmPAL17 | Zm00001d021368 | Chr.7:150079651-150084317 | 321 | 36.34 | 9.51 | -0.302 | 叶绿体Chloroplast |
ZmPAL18 | Zm00001d023655 | Chr.10:13756073-13759615 | 366 | 40.32 | 9.02 | 0.296 | 叶绿体,质膜,液泡 Chloroplast, Plasma membrane, Vacuolar |
ZmPAL19 | Zm00001d024512 | Chr.10:75069687-75075183 | 727 | 81.54 | 5.32 | -0.227 | 细胞核Nuclear |
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