中国农业科学 ›› 2008, Vol. 41 ›› Issue (10): 3336-3342 .doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2008.10.055

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SSR标记开发软件SSR MINING 1.0的编制

  

  1. 东北农业大学大豆研究所
  • 收稿日期:2007-04-17 修回日期:1900-01-01 出版日期:2008-10-10 发布日期:2008-10-10
  • 通讯作者: 陈庆山,胡国华

  1. 东北农业大学大豆研究所
  • Received:2007-04-17 Revised:1900-01-01 Online:2008-10-10 Published:2008-10-10

摘要: 【目的】研制利用生物信息学方法通过分析数量迅速增加的EST序列开发SSR标记的有力工具。【方法】通过对SSR标记本身的特点以及排列组合原理的分析,提出快速有效的SSR标记开发算法,并应用Visual Basic6.0程序设计语言进行相关软件的开发。对2004年8月2日至2005年6月12日之间公布在NCBI上的22 161条大豆EST序列,进行了SSR标记的检索。【结果】通过对现存SSR标记开发软件中所存在的问题的总结与分析,编制完成SSR标记开发软件SSR MINING 1.0。经过检索共发现2 068个SSR标记,应用DNAMAN对其中30个标记进行了引物设计,并合成进行试验验证,最终获得了14个具有多态性的SSR标记。【结论】SSR MINING 1.0是一个高效、灵活、界面友好、使用简便的SSR标记开发软件。

关键词: SSR标记, EST序列, Visual Basic 6.0, 遗传图谱, 大豆