黑麦染色体组中一个新重复序列的发现、定位与应用

中国农业科学 ›› 2007, Vol. 40 ›› Issue (8): 1587-1593 .

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黑麦染色体组中一个新重复序列的发现、定位与应用

刘成,杨足君,冯娟,迟世华,周建平,任正隆

电子科技大学生命科学与技术学院

收稿日期:2006-06-29 修回日期:2006-09-04 出版日期:2007-08-10 发布日期:2007-08-10
通讯作者: 杨足君,任正隆

Foundation, Mapping and Application of a New Repeated DNA Sequence Similar to Sukkula For Rye Genome

电子科技大学生命科学与技术学院

Received:2006-06-29 Revised:2006-09-04 Online:2007-08-10 Published:2007-08-10

摘要/Abstract

摘要： 【目的】寻找黑麦基因组中新的重复序列作为特异PCR标记。【方法】以普通小麦中国春、川农18、育成品系R111、绵阳11为对照，以荆州黑麦、秦岭黑麦、非洲黑麦、森林黑麦为材料，用RAPD法筛选到黑麦基因组中的一个高拷贝DNA片段OPD15940，将OPD15940输入到NCBI的BLAST框中进行比对。根据OPD15940设计特异PCR引物D15F和D15R，利用这对引物对小麦族物种进行扩增，验证OPD15940的特异性。进而利用原位杂交技术定位pScD15940在染色体上的位置。【结果】序列比对后发现OPD15940与重复序列Sukkula中近60个53bp的小片段有较高的同源性，但又不同于Sukkula，是一类新的重复序列。通过特异PCR确定仅含黑麦染色质的物种能扩增出OPD15940，因而OPD15940为黑麦所特有。原位杂交结果显示除端部区域外，pScD15940弥散状分布在黑麦整套染色体上。【结论】OPD15940可以作为分子标记检测导入到小麦背景中的黑麦染色体。

关键词: 黑麦, 重复序列, 原位杂交, 特异PCR

Abstract: 【Objective】 In order to find out new repeated sequence as special molecular marker of genome of rye.【Method】A high copies specific DNA segment OPD15940（be cloned and sequenced）of rye genome was obtained by using random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. A pair of special primers was designed based on the sequence of OPD15940, validated the particularity of OPD15940 by using specific PCR with correlative species. Mapping the segment on chromosomes by using in situ hybridization【Result】pScD15940 was a new repeated DNA sequence similar to Sukkula. The result of in situ hybridization suggested that pScD15940 was specifically hybridized throughout all rye chromosomes arms except for the terminal regions.【Conclusion】pScD15940 can be used as a genome -specific DNA marker for detection chromosome of Secale in wheat.

Key words: Rye, Repeated DNA sequence, in situ hybridization, Specific PCR

刘成,杨足君,冯娟,迟世华,周建平,任正隆. 黑麦染色体组中一个新重复序列的发现、定位与应用[J]. 中国农业科学, 2007, 40(8): 1587-1593 .

. Foundation, Mapping and Application of a New Repeated DNA Sequence Similar to Sukkula For Rye Genome[J]. Scientia Agricultura Sinica, 2007, 40(8): 1587-1593 .

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