中国农业科学 ›› 2008, Vol. 41 ›› Issue (8): 2294-2301 .doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2008.08.011

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适用于大豆疫霉菌遗传分析的新EST-SSR标记

  

  1. 中国农业科学院作物科学研究所,国家农作物基因资源与基因改良重大科学工程
  • 收稿日期:2007-07-26 修回日期:1900-01-01 出版日期:2008-08-10 发布日期:2008-08-10
  • 通讯作者: 朱振东

  1. 中国农业科学院作物科学研究所,国家农作物基因资源与基因改良重大科学工程
  • Received:2007-07-26 Revised:1900-01-01 Online:2008-08-10 Published:2008-08-10

摘要: 【目的】开发大豆疫霉菌SSR标记,为深入了解大豆疫霉菌遗传变异提供理想分析工具。【方法】用SSRIT软件对28 197条大豆疫霉菌EST进行SSR搜索,选择含有SSR的合适EST设计、合成引物和PCR扩增。【结果】发现1 454条EST含有SSR,其中3个碱基重复基元类型最多,有855个,占鉴定总数的54.3%。设计合成140对引物,用10个大豆疫霉菌菌株基因组DNA进行PCR检测,有111对引物(79.3%)扩增出SSR特征条带。通用性检测表明有33对引物在检测的1个或多个其它疫霉菌或腐霉菌中产生扩增产物。【结论】大豆疫霉菌EST含有丰富的SSR位点,本研究从EST中开发了111个新大豆疫霉菌SSR标记,可有效地用于大豆疫霉菌及其相关种的遗传变异研究。

关键词: 大豆疫霉菌, 表达序列标签(EST), SSR标记, 通用性