草莓斑驳病毒分子变异及PCR检测技术研究

doi:10.3864/j.issn.0578-1752.2008.07.014

中国农业科学 ›› 2008, Vol. 41 ›› Issue (7): 1983-1988 .doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2008.07.014

草莓斑驳病毒分子变异及PCR检测技术研究

杨洪一,李丽丽,代红艳,张志宏

东北林业大学生命科学学院

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2008-07-10 发布日期:2008-07-10
通讯作者: 张志宏

东北林业大学生命科学学院

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2008-07-10 Published:2008-07-10

摘要/Abstract

摘要： 【目的】明确草莓斑驳病毒（Strawberry mottle virus，SMoV）的分子变异特点；探索利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV的方法。【方法】利用RT-PCR扩增SMoV 3′非编码区（non-coding region，NCR）和大外壳蛋白（large coat protein，LCP）基因特异片段，并对扩增产物进行克隆测序。利用生物信息学软件分析不同地区分离物变异特点及系统发育关系。参考测序结果，在SMoV基因组保守区设计引物，利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV。【结果】获得了SMoV中国分离物的NCR区和部分LCP 基因核酸序列，不同分离物部分LCP基因核酸序列同源性为76.8%～99.7%。系统进化分析显示不同分离物呈现轻微的地理相关性。3个波兰分离物，4个中国分离物中的3个，7个荷兰分离物中的4个分别聚集成一簇；2个德国分离物与其它分离物亲缘关系较远，形成一个独立的分支。建立了利用半嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV的技术体系，灵敏度高于常规PCR。【结论】SMoV不同分离物变异复杂，德国分离物可能是一个代表特殊株系的群体；基于定位基因组保守区引物，利用嵌套PCR和转录增强技术可有效检测SMoV。

关键词: 草莓斑驳病毒, RT-PCR, 嵌套PCR, 变异, 系统进化分析

杨洪一,李丽丽,代红艳,张志宏. 草莓斑驳病毒分子变异及PCR检测技术研究[J]. 中国农业科学, 2008, 41(7): 1983-1988 .

0
/ / 推荐

导出引用管理器 EndNote|Reference Manager|ProCite|BibTeX|RefWorks

链接本文: https://www.chinaagrisci.com/CN/10.3864/j.issn.0578-1752.2008.07.014

https://www.chinaagrisci.com/CN/Y2008/V41/I7/1983

[1]	刘瑞, 赵羽涵, 付忠举, 顾欣怡, 王艳霞, 靳学慧, 杨莹, 吴伟怀, 张亚玲. 黑龙江省和海南省PWL基因家族在稻瘟病菌中的分布及变异[J]. 中国农业科学, 2023, 56(2): 264-274.
[2]	王一丹,杨发龙,陈弟诗,向华,任玉鹏. 猪腹泻病毒一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测法的建立及应用[J]. 中国农业科学, 2023, 56(1): 179-192.
[3]	郭燕, 张树航, 李颖, 张馨方, 王广鹏. 中国板栗36个叶片表型性状的多样性[J]. 中国农业科学, 2022, 55(5): 991-1009.
[4]	谢丽雪,张小艳,张立杰,郑姗,李韬. 侵染西番莲的东亚西番莲病毒全基因组序列特征及TC-RT-PCR检测技术[J]. 中国农业科学, 2022, 55(22): 4408-4418.
[5]	黄勋和,翁茁先,李威娜,王庆,何丹林,罗威,张细权,杜炳旺. 中国地方品种黄鸡线粒体DNA D-loop遗传多样性研究[J]. 中国农业科学, 2022, 55(22): 4526-4538.
[6]	万映伶,朱梦婷,刘爱青,金亦佳,刘燕. 中国观赏芍药表型多样性解析与资源评价[J]. 中国农业科学, 2022, 55(18): 3629-3639.
[7]	郭迎新,陈永亮,苗琪,范志勇,孙军伟,崔振岭,李军营. 洱海流域植烟土壤养分时空变异特征及肥力评价[J]. 中国农业科学, 2022, 55(10): 1987-1999.
[8]	陈璨,韩南南,刘洋,史晓维,司红起,马传喜. 小麦Glu-3位点基因拷贝数的变异分析[J]. 中国农业科学, 2021, 54(6): 1092-1103.
[9]	李紫腾,曹钰晗,李楠,孟祥龙,胡同乐,王树桐,王亚南,曹克强. 苹果锈果类病毒在7个品种苹果上的分子变异及系统发育关系[J]. 中国农业科学, 2021, 54(20): 4326-4336.
[10]	刘有春,刘威生,王兴东,孙斌,刘修丽,杨艳敏,魏鑫,杨玉春,张舵,刘成,李天忠. 基于简化基因组测序的越橘杂交后代鉴定[J]. 中国农业科学, 2021, 54(2): 370-378.
[11]	张林林,智慧,汤沙,张仁梁,张伟,贾冠清,刁现民. 谷子抽穗时间基因SiTOC1的表达与单倍型变异分析[J]. 中国农业科学, 2021, 54(11): 2273-2286.
[12]	盖钧镒,贺建波. 限制性两阶段多位点全基因组关联分析法（RTM-GWAS）的特点、常见提问与应用前景[J]. 中国农业科学, 2020, 53(9): 1699-1703.
[13]	贺建波,刘方东,王吴彬,邢光南,管荣展,盖钧镒. 限制性两阶段多位点全基因组关联分析法在遗传育种中的应用[J]. 中国农业科学, 2020, 53(9): 1704-1716.
[14]	普雪可,吴春花,勉有明,苗芳芳,侯贤清,李荣. 不同覆盖方式对旱作马铃薯生长及土壤水热特征的影响[J]. 中国农业科学, 2020, 53(4): 734-747.
[15]	许建建,王艳娇,段玉,马志敏,宾羽,周常勇,宋震. 柑橘脉突病毒基因组全长cDNA克隆及其侵染性鉴定[J]. 中国农业科学, 2020, 53(18): 3707-3715.

草莓斑驳病毒分子变异及PCR检测技术研究

PDF

赞

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

Metrics

本文评价

推荐阅读 0