本研究以东北农业大学鸡F2资源群体(NEAURP)为材料,利用 Illumina HiSeq PE150平台进行全基因组测序(26个F0个体进行10×重测序,519个F2个体进行3×重测序)。使用SAMtools进行SNP calling,BEAGLE 4.0在默认参数设置下进行基因型填充。经过质量控制和基因型填充后,共有7,890,258个SNPs用于分析。根据GRCg6a参考基因组,使用ANNOVAR软件进行SNP注释。基于混合线性模型(MLM),使用GEMMA软件进行全基因组关联分析。使用FST和π两种选择信号方法评估F2群体的遗传分化和遗传多样性。 GWAS与选择信号的整合分析表明,控制鸡骨骼肌产肉性状的遗传因子主要位于第1染色体(168.95Mb-172.43Mb)和第4染色体(74.37Mb-75.23Mb)上,共鉴定出17个可能影响目标性状的位置候选基因( LRCH1、CDADC1、CAB39L、LOC112531568、LOC112531569、FAM124A、FOXO1、NBEA、GPALPP1、RUBCNL、ARL11、KPNA3、LHFP、GBA3、LOC112532426、KCNIP4、SLIT2),其中KPNA3和FOXO1是与鸡产肉性状相关的强烈候选基因。本研究的主要创新点是结合GWAS和选择信号分析方法解析鸡骨骼肌产肉性状的遗传结构,发现了一些新的影响鸡产肉性状的基因组区域和候选基因。
本研究共鉴定到了24个PbrMLO基因,并将其分为5个亚家族(I,II,III,IV,V),全基因组重复和分散重复促进了PbrMLO家族的扩大。此外,基因表达分析显示PbrMLO基因分布在梨的不同组织中,表明其功能不同。我们选择PbrMLO23进行进一步的功能分析。qRT-PCR表达谱分析显示PbrMLO23在花粉中有高表达。亚细胞定位分析显示PbrMLO23位于细胞膜上。当反义寡核苷酸降低PbrMLO23基因的表达量时,花粉管长度变长,说明PbrMLO23具有抑制花粉管生长的功能作用。综上所述,这些结果提供了对PbrMLO基因家族及其功能特征的深刻认识,为进一步分析PbrMLO在梨中的功能奠定了基础。