Journal of Integrative Agriculture ›› 2025, Vol. 24 ›› Issue (8): 3291-3296.DOI: 10.1016/j.jia.2024.12.006

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山羊中的新型博卡病毒:遗传特征、系统发育分析与流行病学意义

  

  • 收稿日期:2024-08-13 修回日期:2024-12-05 接受日期:2024-10-22 出版日期:2025-07-20 发布日期:2025-07-17

A novel Bocaparvovirus in goats: Genetic features, phylogenetic analysis, and epidemiological implications

Kegu Ji’e1*, Falong Yang1, 2*, Ai Ran3, Yang Su1, Taichun Gao1, Lanmuyi Gou1, Shenglin Li1, Zihan Xia1, Keha-mo Abi1, 2#   

  1. 1 College of Animal & Veterinary Sciences, Southwest Minzu University, Chengdu 610041, China

    2 Key Laboratory of Qinghai-Tibetan Plateau Animal Genetic Resource Reservation and Utilization, Chengdu 610041, China

    3 Animal Husbandry Science Research Institute, Ganzi Tibetan Autonomous Prefecture, Kangding 626000, China 

  • Received:2024-08-13 Revised:2024-12-05 Accepted:2024-10-22 Online:2025-07-20 Published:2025-07-17
  • About author:Kegu Ji’e, E-mail: jekgcom@gmail.com; Falong Yang, E-mail: falong.yang@swun.edu.cn; #Correspondence Keha-mo Abi, E-mail: abikehamo@swun.edu.cn * These authors contributed equally to this study.
  • Supported by:
    This study was supported by the Natural Science Foundation of Sichuan Province, China (2024NSFSC1272), the Innovation Team Development Funds for Sichuan Mutton Goat & Sheep, China (SCCXTD-2024-14), Scientific and Technological Innovation Team for Qinghai-Tibetan Plateau Research in Southwest Minzu University, China (2024CXTD08).

摘要:

Bocaparvovirus(博卡病毒)是细小病毒科博卡病毒属的成员,可能会引起新生动物严重腹泻等胃肠道症状。目的:本研究目的在于鉴定一株新的博卡病毒—山羊博卡病毒,并对其进行全基因组和系统发育分析,了解流行病学意义。方法:利用PCR的方法从腹泻粪便样本中扩增山羊博卡病毒的全基因组。利用ORFfinder在线软件,对其全基因组序列进行病毒开放阅读框的预测,并使用BioAider和BioEdit软件对全基因组序列、NS1、NP和VP1基因进行同源性分析。RDP4.0 and SimPlot 3.5.1软件用于分析山羊博卡病毒与其他博卡病毒的重组情况。利用IQ-TREE(1.6.12)软件,以最大似然法构建基于全基因组、NS1以及VP1基因的系统发育树。基于全基因组序列建立检测山羊博卡病毒的特异性PCR方法,并使用SPSS软件以卡方检验法对腹泻和非腹泻粪便样本的阳性率进行统计分析。结果:在腹泻山羊的粪便样本中,通过PCR成功获得了一株全长为5351个核苷酸的完整基因组,暂命名为CapBOV-SWUN,具有标准的博卡病毒基因组结构。与在野生动物Elaphodus cephalophus中发现的新型博卡病毒ECBOV-tdf70毒株具有87.77%的相似性。根据国际病毒分类委员会(ICTV)的标准,该毒株的NS1与ECBOV-tdf70毒株的氨基酸一致性为91.2%,应共同归类为一个新物种。系统发育分析表明, CapBOV-SWUN与ECBOV-tdf70毒株聚为一个分支,遗传关系最近。山羊粪便样本的总体阳性率为32.2%(132/410)。四川、湖南和重庆的山羊粪便样本阳性率分别为30.0%(95/317)、40.0%(16/40)和39.6%(21/53),且腹泻山羊的感染率显著高于无症状山羊(P<0.05)。结论:本研究在山羊粪便样本中鉴定了一种新型博卡病毒,在中国三个省份中均被检测到,且腹泻粪便样本中的阳性率显著高于非腹泻粪便样本。创新性:本研究首次在山羊中鉴定了山羊博卡病毒。发现山羊博卡病毒可能与山羊的腹泻相关,且该毒株在山羊与野生动物Elaphodus cephalophus中具有跨物种传播的潜在可能性。证实山羊博卡病毒已在山羊中广泛流行,为该病毒的流行病学和遗传多样性提供了宝贵的见解。

关键词:

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