摘要:
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它 Badnavirus 病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7 543 bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0 和 217.6 kD。其基因组与GenBank 登录的 PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%—97%,其ORF3 编码的氨基酸序列与已报道的 Badnavirus病毒ORF3氨基酸序列间一致率小于50.8%。Southern blot 分析显示该病毒基因组能整合到植物基因组中。【结论】在中国湛江地区菠萝上存在PBCoV,该病毒属于Badnavirus属病毒,与香蕉线条病毒(Banana streak virus)Mys分离物( BSV-Mys)亲缘关系最近。这是PBCoV基因组全序列的首次报道。