中国农业科学 ›› 2008, Vol. ›› Issue (12): 3991-3998 .doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2008.12.007

• 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学 • 上一篇    下一篇

基于SSR荧光标记技术的玉米群体混合样本基因频率分析方法

刘晓鑫,谢传晓,赵 琦,路 明,曲延英,张 滨,梁业红,张世煌

  

  1. 中国农业科学院作物科学研究所玉米研究中心/农业部作物遗传育种学重点实验室
  • 收稿日期:2006-04-07 修回日期:1900-01-01 出版日期:2008-12-20 发布日期:2008-12-20
  • 通讯作者: 张世煌,谢传晓

  1. 中国农业科学院作物科学研究所玉米研究中心/农业部作物遗传育种学重点实验室
  • Received:2006-04-07 Revised:1900-01-01 Online:2008-12-20 Published:2008-12-20

摘要:

【目的】建立玉米群体混合样本等位基因及其频率的分析方法。【方法】采用ABI全自动遗传分析仪,利用5′端荧光标记的SSR引物,通过混合样本中PCR扩增产物检测峰高与丰度对应,分析基因频率。【结果】与聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法相比,ABI全自动遗传分析仪的检测灵敏度高。20个供试玉米群体中,荧光引物Phi072(6-Fam)共检测到82个等位基因位点,平均每个群体4.1个;引物Phi084(Hex)检测到43个等位基因位点,平均每个群体2.15个。多重PCR(multiplex PCR)荧光SSR检测结果显示,可以明确区分不同等位基因。荧光SSR能准确地读出片段大小,定量PCR扩增产物的丰度。用GeneScan获取数据,用Genotyper软件对数据进行设置与输出,使用R软件的FREQS-R模块,初步探讨利用荧光SSR定量化数据,计算供试群体15个单株混合样本的等位基因频率。【结论】可通过荧光SSR产物的丰度来确定混合取样群体的基因频率。

关键词: 荧光SSR, 玉米群体, 混合样本, 基因频率