次生代谢物质与植物的营养品质和保健功能密切相关。本研究首次收集了国内23个野生石榴和27个栽培石榴的成熟果实,比较分析了不同种质石榴果皮和果汁中黄酮和鞣质的含量差异,并采用液相色谱-电喷雾串联质谱法(LC-ESI-MS/MS)法测定了果汁高黄酮种质‘则拉4’果皮(ZLP)和果汁(ZLZ)中的次生代谢物质。方差分析(P<0.05)表明,不同石榴种质间的黄酮和鞣质含量存在显著差异。Pearson相关分析表明,影响石榴黄酮和鞣质含量的主要环境因子是纬度和海拔。本研究在‘则拉4’果皮和果汁中共鉴定出279种次生代谢物质,其中227种次生代谢物首次在石榴中发现。通过正交偏最小二乘判别分析法,在ZLP和ZLZ中筛选出了90种差异代谢物。本研究还筛选了8种特异性种质资源(果皮高黄酮,‘军拥3’;果皮低黄酮,‘胭脂红’;果汁高黄酮,‘则拉4’;果汁低黄酮,‘豫大籽’,果皮高鞣质,‘军拥4’,果皮低鞣质,‘安巴1’,果汁高鞣质,‘叶巴1’,果汁低鞣质,‘白花玉石籽’。本研究结果可为我国野生石榴资源的开发利用和石榴育种提供参考。