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屠云洁1，姬改革1，章明1，刘一帆1，巨晓军1，单艳菊1，邹剑敏1，李华2，陈智武3，束婧婷1**
TU YunJie1, JI GaiGe1, ZHANG Ming1, LIU YiFan1, JU XiaoJun1, SHAN YanJu1, ZOU JianMin1，LI Hua2，CHEN ZhiWu3, SHU JingTing 1* #br# #br#
摘要： 【目的】Wnt信号通路在动物皮肤毛囊的发生发育中具有重要作用，前期研究结果表明Wnt3a可能是影响鸡皮肤毛囊密度性状的重要候选基因。为进一步验证Wnt3a在皮肤毛囊生长发育中的作用，研究以金陵花鸡为研究对象，筛选Wnt3a SNPs，并分析其与毛囊密度性状的相关性，以期找到对皮肤毛囊密度有显著影响的分子标记，为培育屠体美观的屠宰型肉鸡的“分子编写育种”提供参考。【方法】采用PCR扩增直接测序法对Wnt3a 的SNPs位点进行筛查，分析单个SNP标记与皮肤毛囊密度性状的相关性。采用Haploview软件分析这些SNP位点的连锁不平衡（LD）程度，并分析不同单倍型组合与毛囊密度性状的相关性。【结果】共发现14个SNP位点，在第2外显子发现1个SNP位点（SNP1），为同义突变；第2内含子发现4个突变位点（ SNP2—SNP5），在第3内含子发现9个SNP位点（SNP6—SNP14）。卡方检验表明，第2外显子的1个突变位点（SNP1）和第2内含子的3个突变位点（SNP3—SNP5）的3个位点均处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05），第3内含子的9个SNPs（SNP6-SNP14）偏离哈代-温伯格平衡（P<0.05）。SNP1—SNP5的He均小于0.50，PIC均小于0.25，这5个SNP位点遗传多样性较低。第3内含子的9个突变位点，SNP6、SNP7、SNP9位点PIC＜0.25，其他6个突变位点 0.25＜PIC＜0.5，为中度多态。单标记关联分析表明，公、母鸡SNP2位点的AG基因型的毛囊密度显著高于GG基因型（P＜0.05）；母鸡SNP8位点的AA与GG基因型的毛囊密度显著高于AG基因型（P＜0.05），在公鸡中3种基因型的毛囊密度差异不显著。14个SNPs连锁不平衡分析表明，SNP3、SNP4和SNP5的强连锁产生了2种单倍型，H1（GAT）频率为0.882和H2（TCC）频率为0.118；SNP6—SNP13之间的强连锁产生了5种单倍型，其中H1（ACATTATC）和H2（ACGTCCCA），H3（ACGTTCCA），H4（GTGCTATA），H5（ACGTCCCC），单倍型频率分别为0.469、0.275、0.123、0.113、0.014。SNP3、SNP4和SNP5连锁产生的2 种单倍型组合后产生了3种单倍型组合，关联分析发现在公、母鸡中3种单倍型组合的毛囊密度均差异不显著；将 SNP6—SNP13连锁产生的5种主要单倍型组合后，公鸡有7种组合单倍型组合，毛孔数量差异不显著；母鸡有8种主要单倍型组合，其中H1H1（AACCAATTTTAATTCC）毛囊密度最大。SNP2和SNP8位点与皮肤毛囊密度显著相关，单倍型组合H1H1（AGAA）、H1H2（AGAG）为母鸡优势单倍型。【结论】筛选到Wnt3a的14个SNPs位点，其中，SNP2（ rs2587721 G＞A ）和SNP8（rs2555967G＞A）位点与毛囊密度显著相关，8个SNPs（SNP6—SNP13）位点处于强连锁不平衡，母鸡H1H1单倍型毛囊密度最大。Wnt3a的SNP2和SNP8位点的单倍型组合H1H1（AGAA）、H1H2（AGAG）和SNP6-13连锁产生的H1H1（AACCAATTTTAATTCC）单倍型组合与母鸡毛囊密度显著相关，可以为鸡毛囊密度“分子编写育种”提供重要遗传信息。
