中国农业科学
2025, 58 (
):
3145-3158.
10.3864/j.issn.0578-1752.2025.15.015
【目的】 基于全基因组关联研究（genome-wide association study，GWAS）技术筛选和鉴定金定鸭产蛋数性状相关的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNPs）位点及候选基因，为金定鸭产蛋性状的分子育种提供参考信息。【方法】 采用441只同批次健康金定鸭（母鸭）群体作为研究对象，分别收集每只个体从产第一枚蛋开始至43周龄、55周龄和72周龄的产蛋数（分别为W43、W55和W72）共3个产蛋数性状。所有441只个体翅静脉采血后进行全基因组重测序，下机数据与鸭参考基因组（ZJU1.0）比对得到全基因组范围内的SNPs位点，利用plink软件质控后获取高质量SNPs位点，使用ASReml-R 4.2软件多性状动物模型估计43周龄、55周龄、72周龄产蛋数性状的遗传力，以及两两性状间的遗传相关、表型相关。利用gemma软件分别对3个产蛋数性状进行全基因组关联分析，鉴定3个产蛋数性状共享的关联标记位点，利用bedtools软件对这些位点进行注释，挖掘标记位点附近的候选基因。【结果】 金定鸭W43、W55和W72遗传力均较低，遗传力范围在0.17—0.30之间，并随着周龄的增加，遗传力逐渐降低。不同周龄产蛋数间均具有较高的遗传正相关，相邻时间点间的遗传相关系数高于间隔时间点之间的遗传相关系数，其中W43与W55的遗传相关系数为0.75，W55与W72遗传相关系数为0.89。GWAS研究结果表明，W43筛选到174个潜在显著SNPs位点（P<9.43×10-7），分布于3、13、21号染色体上；W55筛选到297个潜在显著SNPs位点（P<9.43×10-7），分布于3、13号染色体上；W72筛选到36个潜在显著SNPs位点（P<9.43×10-7），均位于3号染色体上。3个产蛋数性状共享20个重叠的潜在显著SNPs位点（P<9.43×10-7），且均位于3号染色体上。这些位点形成了两个较大的单倍型块，并涉及5个候选基因，包括参与钙离子作用的VSNL1基因、参与中胚层形成的MSGN1基因、具有钾离子通道作用的KCNS3基因，参与DNA修复的SMC6和GEN1基因。【结论】 估计了金定鸭43周龄、55周龄和72周龄产蛋数性状的遗传参数，通过产蛋数性状的GWAS研究鉴定了同时影响3个周龄产蛋数性状的20个潜在显著的SNPs位点、5个候选基因，这些结果为金定鸭产蛋数性状分子育种提供了参考信息。
