冠根系统是玉米营养期和生殖期最重要的根系组成部分。然而,玉米冠根性状的遗传基础及其与地上部农艺性状的关系尚不清楚。本研究以531个玉米优良自交系为研究对象,在不同的田间环境下,对其冠根相关性状和地上部农艺性状进行表型分析。结果表明,根系性状与开花时间、株型结构、籽粒产量等地上部农艺性状呈显著正相关。通过全基因组关联分析(GWAS)结合重测序,共鉴定出115关联位点和22个高置信候选基因。其中冠根与花期和植株构型有46个QTL共定位,因此大约三分之一的冠根性状遗传变异可能要归因于开花时间和植株结构。此外,115个冠根位点中有103个(89.6%)位于已知的驯化和改良选择范围内,这表明冠根在玉米驯化和改良过程中可能经历了间接选择。此外,Zm00001d036901是一个高置信候选基因,其表达可能与玉米冠根的表型变异有关,Zm00001d036901在玉米驯化改良过程中是受选择的。本研究促进了我们对根系结构遗传基础的理解,并为改进玉米根系结构提供了基因组学资源。