为明确我国主要甜菜产区线虫的种类和危害程度,2015-2018年我们对我国甜菜主要产区进行了系统的调查和检测。在新疆伊犁州新源县的甜菜地调查发现,部分区域甜菜长势弱,植株黄化、矮化明显,受害植株根系有明显的须根团,根上有大量的白色雌虫。采用形态学和形态测量学的方法对孢囊线虫的雌虫、孢囊和二龄幼虫进行显微观察和测量,结果表明,在我国新疆新源县甜菜上发现的孢囊群体的2龄幼虫、孢囊及阴门锥的特征和关键形态测量值与国外已报道的甜菜孢囊线虫基本一致。采用分子生物学的方法对孢囊线虫新疆新源群体的核糖体DNA-ITS、28S-D2/D3和线粒体DNA COI基因进行克隆、测序和分析发现,新源群体的核糖体DNA-ITS, 28S-D2/D3 和线粒体DNA COI基因序列和国外已报道的甜菜孢囊线虫的一致性为99.81-100%,进化分析显示新疆新源群体与国外甜菜孢囊线虫群体聚类为一个进化分支,同时采用甜菜孢囊线虫特异性引物SHF6和rDNA2,从新疆新源群体中扩增出长度为255 bp的特异性条带,分子生物学检测结果表明:我国新疆甜菜上发现的孢囊线虫为甜菜孢囊线虫。采用柯赫氏法则,将500头二龄幼虫分别接种到甜菜(SD21816)和油菜(德油6号)根系中,15天后在甜菜和油菜根系上分别发现了137和157个孢囊和雌虫,表明新疆新源群体能够在甜菜和油菜上完成生活史,且形态学和分子生物学鉴定结果和田间样品完全一致。综上所述,经形态学鉴定和分子特征分析确认,在我国新疆新源县甜菜上发现的孢囊线虫为我国检疫性有害生物——甜菜孢囊线虫,这也是甜菜孢囊线虫在我国的首次明确报道。
本研究从葡萄基因组中共鉴定出59个SCPL蛋白,并对该基因家族进行了染色体定位、序列比对、基因结构、系统进化,及保守结构域等生物信息学分析,该基因家族的鉴定严格按照SCPL结构域进行。系统进化分析结果表明,VvSCPL基因家族可被划分成3个亚家族,每个亚家族内的基因均具有高度保守的结构域。VvSCPL基因家族外显子数量介于1-19之间,表明葡萄SCPL基因存在较大的变异。转录组测序与qRT-PCR分析结果表明,VvSCPL基因的表达受干旱和淹水胁迫的诱导或抑制,表明该家族基因可能在应答非生物胁迫过程中发挥着一定的作用。本研究为深入了解葡萄VvSCPL基因的生理与生物学功能提供了有力参考。
猪是全球重要的家养动物,以骨骼肌的形式为人类重提供蛋白质。为了研究长链基因间非编码RNA(LincRNA)在猪骨骼肌发育中的功能,我们收集猪胚胎发育期间背最长肌(LDM)的RNA-seq数据,并坚定了739条lincRNA转录本,这些转录本分布在除Y染色体外的所有染色体上。然后我们对鉴定的lincRNA的分子特征进行分析,相比于蛋白编码基因,lincRNA具有较短的转录本长度、较长的外显子长度、较少的外显子数目及较高的组织特异性。除此之外,我们还对lincRNA在5个胚胎发育时期的表达丰度进行分析,鉴定了45个差异表达的lincRNA,其中有3个差异表达的lincRNA在不同的胚胎发育期均差异表达。最后我们对lincRNa的潜在靶基因进行预测,共鉴定了1537个顺式作用的靶基因及8571个反式作用的靶基因。结合上述结果我们鉴定了两个参与骨骼肌发育的关键候选lincRNA:XLOC_024652和XLOC_001832。本研究在全基因组水平鉴定猪胚胎期骨骼肌发育过程中可能涉及的lincRNA,为进一步研究lincRNa的功能及猪的遗传育种提供有价值的素材。