小豆(Vigna angularis (Willd.) Ohwi & Ohashi) 属于豇豆属亚洲豇豆亚属,是东亚各国传统种植作物。小豆营养丰富、医食两用,消费市场逐渐遍布全球。然而,小豆的遗传研究相对缓慢,导致育种技术落后、效率低下,难以满足生产和市场的需求。本研究基于高通量基因组测序技术构建了小豆SNP高密度遗传连锁图谱,该图谱共11条连锁群,含2904个标记,每条连锁群的标记数从208个(LG7)到397(LG1)个不等。图谱总长1365.0cM,标记间平均距离0.47cM,每条连锁群的长度从97.4cM(LG9)到155.6cM(LG1)不等。利用该图谱共发掘到两个与籽粒大小有关的主效QTL,分别位于LG2(22.1%) 和LG 9(18.8%)。此外,基于InDel侧翼序列,进一步开发了9718对引物,并随机选择200对进行PCR扩增检验,结果显示有75对在24份小豆种质中具有多态性。本研究中高密度图谱构建及籽粒大小的QTL 分析将进一步提升小豆重要性状基因的发掘等,而InDel标记的开发将有效促进小豆种质资源的遗传多样性分析、基因初步定位等研究。