研究报道红、蓝光源显著影响植物幼苗生长。马铃薯是世界上重要的粮饲兼用作物。马铃薯组培苗培养在马铃薯生产中扮演重要角色。然而,从转录组水平上揭示红、蓝光源对马铃薯组培苗生长的影响研究较少。本研究的目的是借助转录组技术探索单色红光(RR)、单色蓝光(BB)和红蓝组合(RB)光谱处理的马铃薯组培苗的生长和生理反应。与对照RB相比,RR和BB处理的马铃薯组培苗分别被检测到有3150和814个差异表达基因。与对照相比,富集在“光合作用”和“光合天线蛋白”代谢通路上的差异表达基因分别被BB和RR处理所上调和下调表达,这可能与在上述两个处理中分别增加和降低的叶绿素荧光参数Fv/Fm, φPSⅡ,qp和ETR有关。BB处理的马铃薯组培苗呈现出茎秆矮化、叶片较大,而RR处理则表现为茎秆伸长,叶片较小。这些显著的形态改变与马铃薯组培苗叶和茎器官中内源激素GAs,IAA 和CKs含量不同有关。此外,单色红、蓝LEDs光源引起“植物激素信号传导”通路上差异基因相反的表达模式与其激素含量不同有密切关系。本研究在转录组水平上揭示了马铃薯组培苗对红、蓝LEDs光源的不同响应,并从光谱特征方面有助于马铃薯组培苗快繁。