First identification of a novel Aichivirus D in goats with diarrhea
嵴病毒(Kobuvirus, KoV)是微RNA病毒科的一个新的属,包括A型爱知病毒-F型爱知病毒(Aichivirus A-F)6个种,目前只在牛和绵羊中检测到Aichivirus D。我们在采用宏基因组技术鉴定某爆发腹泻的山羊场的腹泻病原时,意外的在粪便中发现了Aichivirus D序列,本实验的目的是研究山羊源Aichivirus D的分子特征并调查其与山羊腹泻的联系。根据病毒宏基因组学技术获得的Aichivirus D部分序列设计引物,成功地从腹泻样本获得了一个近乎全长Aichivirus D基因组(8,461 bp),包含7,524 bp 的完整编码框,与绵羊Aichivirus D的遗传关系最近,可能由绵羊Aichivirus D通过重组进化而来,重组区域位于VP1基因。为进一步调查Aichivirus D与山羊腹泻的联系,从3个爆发腹泻的羊场采集了116份2-60日龄的羔羊粪便样本(61份腹泻样本,55份临床健康粪便样本),采用特异性RT-PCR进行了Aichivirus D的检测。结果表明,腹泻样本中Aichivirus D阳性率为55.74% (34/61),显著高于健康样本(14.55%,P<0.001),且其它常见腹泻病原未检出,提示Aichivirus D与山羊腹泻有关。在此基础上,又从9个阳性样本中扩增出完整的VP0、VP3和VP1基因,与绵羊源Aichivirus D相比,山羊源Aichivirus D的VP0、VP3和VP1基因有独特的氨基酸突变和遗传进化特征。总之,本实验首次证明Aichivirus D感染山羊,且该病毒可能与山羊腹泻有关。该病毒与绵羊Aichivirus D的亲缘关系最为密切,可能是由绵羊AichiVirus D 重组进化而来的。这些结果有助于深入了解Aichivirus D的宿主范围和遗传进化。