川西北高原牦牛和藏猪源大肠杆菌生物被膜表型、耐药基因、整合酶基因和毒力基因检测

陈朝喜,李宇涵,谭敏,汪露,黄志宏

Biofilm-Forming Phenotype, Antibacterial Resistance Genes, Integrase Genes and Virulence Genes Detection of Escherichia coli Isolated from Yaks and Tibetan Pigs in Northwest Sichuan Plateau

CHEN ChaoXi,LI YuHan,TAN Min,WANG Lu,HUANG ZhiHong

表1 耐药基因和整合酶基因扩增引物信息

Table 1 Information of PCR primers for ARGs and integrase genes amplification

抗菌药物类别 Classes of antibacterial agents	基因名称 Gene name	引物序列（5′→3′） Primer sequence (5′→3′)	扩增片段大小 Amplification size (bp)	退火温度 Annealing temperature (℃)	参考文献或序列号 Reference or sequence number
四环素类 Tetracyclines	tetA	F-CACTATGGCATTCTGCTGGC	948	60	[18]
	tetA	R-CATAGATCGCCGTGAAGAGG	948	60	[18]
	tetB	F-GCCCAGTGCTGTTGTTGTC	553	60	[18]
	tetB	R-AAGACCAAGACCCGCTAATG	553	60	[18]
	tetC	F-TCCTGCTCGCTTCGCTACT	730	58	[18]
	tetC	R-TGGTCGTCATCTACCTGC	730	58	[18]
	tetD	F-AAACCATTACGGCATTCTGC	787	56	[19]
	tetD	R-GACCGGATACACCATCCATC	787	56	[19]
	tetG	F-CGGTCTTATGGGTGCTCTA	721	58	[18]
	tetG	R-CCTTGCTTGTTACTGAC	721	58	[18]
	tetM	F-TTATCAACGGTTTATCAGG	397	55	[20]
	tetM	R-CGTATATATGCAAGACG	397	55	[20]
	tetX	F-CAATAATTGGTGGTGGACCC	468	56	[21]
	tetX	R-TTCTTACCTTGGACATCCCG	468	56	[21]
磺胺类 Sulfonamides	sul1	F-TCAGACGTCGTGGATGTCG	393	57	[22]
	sul1	R-CGAAGAACCGCACAATCTCG	393	57	[22]
	sul2	F-CCTGTTTCGTCCGACACAGA	435	59	[23]
	sul2	R-GAAGCGCAGCCGCAATTCAT	435	59	[23]
	sul3	F-AGATGTGATTGATTTGGGAGC	443	53	[24]
	sul3	R-TAGTTGTTTCTGGATTAGAGCCT	443	53	[24]
喹诺酮类 Quinolones	qnrA	F-TCAGCAAGAGGATTTCTCA	627	55	[25]
	qnrA	R-GGCAGCACTATTACTCCCA	627	55	[25]
	qnrB	F-ACGATGCCTGGTAGTTGTCC	469	55	[25]
	qnrB	R-ACGACATTCGTCAACTGCAA	469	55	[25]
抗菌药物类别 Classes of antibacterial agents	基因名称 Gene name	引物序列（5′→3′） Primer sequence (5′→3′)	扩增片段大小 Amplification size (bp)	退火温度 Annealing temperature (℃)	参考文献或序列号 Reference or sequence number
	qnrS	F-ACGACATTCGTCAACTGCAA	417	55	[25]
	qnrS	R-TAAATTGGCACCCTGTAGGC	417	55	[25]
	qepA	F-GCAGGTCCAGCAGCGGGTAG	299	56	[25]
	qepA	R-CTTCCTGCC CGAGTATCGTG	299	56	[25]
β-内酰胺类 β-lactams	bla_DHA	F-AACTTTCACAGGTGTGCTGGGT	387	59	[26]
	bla_DHA	R-CCGTACGCATACTGGCTTTGC	387	59	[26]
	bla_TEM	F-ATAAAATTCTTGAAGACGAAA	1080	52	[26]
	bla_TEM	R-GACAGTTACCAATGCTTAATC	1080	52	[26]
	bla_CMY-2	F-ATGATGAAAAAATCGTTATGC	1143	57	[26]
	bla_CMY-2	R-TTGCAGCTTTTCAAGAATGCG	1143	57	[26]
	bla_SHV	F-CACTCAAGGATGTATTGTG	885	53	[26]
	bla_SHV	R-TTAGCGTTGCCAGTGCTCG	885	53	[26]
酰氨醇类 Amphenicols	floR	F-CTGAGGGTGTCGTCATCTAC	673	54	[23]
	floR	R-GCTCCGACAATGCTGACTAT	673	54	[23]
	cmlA	F-CGCCACGGTGTTGTTGTTAT	394	59	[23]
	cmlA	R-GCGACCTGCGTAAATGTCAC	394	59	[23]
	cmlB	F-ACTCGGCATGGACATGTACT	284	57	[23]
	cmlB	R-ACGGACTGCGGAATCCATAG	284	57	[23]
氨基糖苷类 Aminoglycosides	cat1	F-CTTGTCGCCTTGCGTATAAT	508	53	[23]
	cat1	R-ATCCCAATGGCATCGTAAAG	508	53	[23]
	cat2	F-AACGGCATGATGAACCTGAA	547	53	[23]
	cat2	R-ATCCCAATGGCATCGTAAAG	547	53	[23]
	aac(3’)-Ⅳ	F-GGCCACTTGGACTGATCGAG	409	58	X01385
	aac(3’)-Ⅳ	R-GCGGATGCAGGAAGATCAAC	409	58	X01385
	aadA2	F-GGTGCTAAGCGTCATTGAGC	470	57	AB154408
	aadA2	R-GCTTCAAGGTTTCCCTCAGC	470	57	AB154408
	rmtB	F-ACATCAACGATGCCCTCAC	472	53	AB103506
	rmtB	R-AAGTTCTGTTCCGATGGTC	472	53	AB103506
	aac(6’)-Ib	F-TTGCGATGCTCTATGAGTGGCTA	482	56	[27]
	aac(6’)-Ib	R-CTCGAATGCCTGGCGTGTTT	482	56	[27]
	aph (3’)-Ⅶ	F-TCCACAGGATGGCAAGATCC	690	55	AY260546
	aph (3’)-Ⅶ	R-TTCAACGGGAAACGTCTTGC	690	55	AY260546
整合酶基因 Integrase genes	intⅠ1	F-CCTCCCGCACGATGATC	280	57	[28]
	intⅠ1	R-TCCACGCATCGTCAGGC	280	57	[28]
	intⅠ2	F-TTATTGCTGGGATTAGGC	233	52	[28]
	intⅠ2	R-ACGGCTACCCTCTGTTATC	233	52	[28]