转基因玉米NK603转化体/zSSIIb内标基因二重微滴数字PCR方法的建立及应用

肖芳,李俊,王颢潜,翟杉杉,陈子言,高鸿飞,李允静,吴刚,张秀杰,武玉花

Establishment and Application of A Duplex ddPCR Method to Quantify the NK603/zSSIIb Copy Number Ratio in Transgenic Maize NK603

XIAO Fang,LI Jun,WANG HaoQian,ZHAI ShanShan,CHEN ZiYan,GAO HongFei,LI YunJing,WU Gang,ZHANG XiuJie,WU YuHua

图4 引物/探针浓度优化的NK603/zSSIIb二重ddPCR一维扩增热图及测量的拷贝数比值 A：二重ddPCR中NK603转化体不同引物/探针浓度的一维扩增热图;B：二重ddPCR中zSSIIb不同引物/探针浓度的一维扩增热图;C：不同的引物/探针浓度下测量的NK603/zSSIIb拷贝数比值。样品顺序：1—4：NK603转化体和zSSIIb引物/探针浓度相同,依次为100/50、200/100、400/200和800 nmol·L-1/400 nmol·L-1;5—8：NK603转化体和zSSIIb引物/探针浓度不同,依次为400/200、200 nmol·L-1/100 nmol·L-1,200/100、400 nmol·L-1/200 nmol·L-1,400/200、800 nmol·L-1/400 nmol·L-1,800/400、400 nmol·L-1/200 nmol·L-1

Fig. 4 One-dimension hot map of NK603/zSSIIb duplex ddPCR for optimization of primer/probe concentration and measured copy number ratios of NK603 event and zSSIIb gene by NK603/zSSIIb duplex ddPCR A: 1-D hot plots of NK603 event of duplex ddPCR at different primer/probe concentrations; B: 1-D hot plots of zSSIIb gene of duplex ddPCR at different primer/probe concentrations; C: Measured copy number ratios of NK603 event to zSSIIb gene at different primer/probe concentrations. Sample order: 1-4: The primer/probe concentration of NK603 event was the same as that of zSSIIb gene, corresponding sequentially to 100/50, 200/100, 400/200, 800 nmol·L-1/400 nmol·L-1. 5-8: The primer/probe concentration of NK603 event was different from that of zSSIIb gene, corresponding sequentially to 400/200, 200 nmol·L-1/100 nmol·L-1; 200/100, 400 nmol·L-1/200 nmol·L-1; 400/200, 800 nmol·L-1/400 nmol·L-1; 800/400, 400 nmol·L-1/200 nmol·L-1