苦荞VQ基因家族的全基因组鉴定及其在叶斑病原与激素处理下的表达谱分析

郑逢盛,王海华,邬清韬,申权,田建红,彭喜旭,唐新科

Genome-Wide Identification of VQ Gene Family in Fagopyrum tataricum and Its Expression Profiles in Response to Leaf Spot Pathogens

ZHENG FengSheng,WANG HaiHua,WU QingTao,SHEN Quan,TIAN JianHong,PENG XiXu,TANG XinKe

表1 苦荞VQ基因及其序列特征

Table 1 VQ genes identified in tartary buckwheat and their sequence characteristics

基因名称 Gene name 序列登录号 Sequenced ID 染色体 Chromosome 内含子 Introns 正/反链 +/- strand 基因大小 Gene size (bp) 编码序列 Coding sequence 编码的蛋白质 Encoded protein 氨基酸长度 aa length (aa) 分子量 Molecular length (kD) 等电点 pI 亚细胞定位 Subcellular localization FtVQ1 FtPinG0005794900 1 0 + 772 549 182 20.00 8.71 细胞核Nucleus FtVQ2 FtPinG0005409400 1 0 - 1059 588 195 20.90 10.11 细胞核Nucleus FtVQ3 FtPinG0002545500 1 0 + 678 678 225 24.27 10.31 细胞核Nucleus FtVQ4 FtPinG0002567300 1 0 - 654 651 216 23.52 7.07 细胞核Nucleus FtVQ5 FtPinG0006482000 1 0 + 566 249 82 9.08 6.50 细胞核Nucleus FtVQ6 FtPinG0001835400 2 0 + 688 405 134 15.21 11.09 叶绿体Chloroplast FtVQ7 FtPinG0009771100 2 0 + 840 840 279 30.09 8.36 细胞核Nucleus FtVQ8 FtPinG0004496500 2 0 - 938 297 98 10.54 9.83 细胞核Nucleus FtVQ9 FtPinG0001284900 2 0 + 629 603 200 21.83 8.79 叶绿体Chloroplast FtVQ10 FtPinG0001084300 3 0 + 895 507 168 18.02 9.82 细胞核Nucleus FtVQ11 FtPinG0001089800 3 0 + 705 705 234 24.66 5.94 细胞核Nucleus FtVQ12 FtPinG0002126400 3 0 + 780 729 242 25.78 10.20 细胞核Nucleus FtVQ13 FtPinG0007726900 4 0 + 418 387 128 14.60 7.67 细胞核Nucleus FtVQ14 FtPinG0001986300 4 0 + 357 354 116 13.24 9.52 细胞质Cytoplasm FtVQ15 FtPinG0003123700 5 0 + 601 468 155 16.79 8.27 叶绿体Chloroplast FtVQ16 FtPinG0007087100 5 0 + 453 429 142 15.71 10.54 细胞核Nucleus FtVQ17 FtPinG0005585600 5 0 + 687 687 228 24.25 5.26 细胞核Nucleus FtVQ18 FtPinG0002695900 6 0 + 850 603 200 21.09 5.20 叶绿体Chloroplast FtVQ19 FtPinG0001480300 6 0 + 1454 1083 360 38.10 7.40 细胞核Nucleus FtVQ20 FtPinG0006939600 6 0 + 899 477 158 17.28 5.56 细胞核Nucleus FtVQ21 FtPinG0003079000 6 0 + 606 606 201 20.96 9.64 细胞核Nucleus FtVQ22 FtPinG0009737600 6 0 + 797 594 197 21.25 6.08 细胞核Nucleus FtVQ23 FtPinG0002065200 6 0 + 588 582 193 20.86 8.15 细胞核Nucleus FtVQ24 FtPinG0002067700 6 0 + 468 444 147 16.01 4.48 细胞核Nucleus FtVQ25 FtPinG0003595000 7 0 + 1343 882 293 30.96 10.77 细胞核Nucleus FtVQ26 FtPinG0002292500 8 0 - 740 642 213 22.98 10.72 叶绿体Chloroplast FtVQ27 FtPinG0003287200 8 0 + 699 630 209 22.81 6.62 细胞核Nucleus FtVQ28 FtPinG0003376500 8 0 + 654 654 217 23.91 7.24 叶绿体Chloroplast