基于SNP标记的小麦籽粒性状全基因组关联分析

张芳,任毅,曹俊梅,李法计,夏先春,耿洪伟

Genome-wide Association Analysis of Wheat Grain Size Related Traits Based on SNP Markers

ZHANG Fang,REN Yi,CAO JunMei,LI FaJi,XIA XianChun,GENG HongWei

附表1 标记分布及多态性

Supplemental table 1 Genome coverage and marker polymorphism

染色体 Chromosome 标记数量 No. of markers 物理长度 Physical distance (Mb) 标记密度Density of marker 遗传多样性Genetic diversity 最小等位基因频率MAF 多态信含量 PIC 平均 Mean 范围 Range 平均 Mean 范围 Range 1A 2544 602.45 0.24 0.35 0.25 0.05—0.50 0.28 0.09—0.38 1B 1469 746.65 0.29 0.34 0.25 0.05—0.50 0.27 0.09—0.38 1D 1486 498.09 0.20 0.36 0.26 0.05—0.50 0.29 0.09—0.38 2A 2682 787.57 0.31 0.38 0.29 0.05—0.50 0.3 0.09—0.38 2B 2177 802.80 0.32 0.37 0.27 0.05—0.50 0.29 0.09—0.38 2D 1308 655.89 0.26 0.37 0.27 0.05—0.50 0.29 0.09—0.38 3A 2252 750.52 0.29 0.46 0.37 0.25—0.50 0.35 0.30—0.38 3B 2275 868.70 0.34 0.42 0.33 0.17—0.50 0.33 0.24—0.38 3D 1201 626.21 0.25 0.36 0.27 0.05—0.50 0.29 0.09—0.38 4A 2063 750.43 0.29 0.46 0.39 0.26—0.50 0.36 0.30—0.38 4B 1327 672.85 0.26 0.39 0.29 0.11—0.50 0.31 0.18—0.38 4D 817 521.81 0.20 0.39 0.29 0.05—0.50 0.31 0.09—0.38 5A 2251 709.53 0.28 0.49 0.43 0.35—0.50 0.37 0.35—0.38 5B 1605 713.57 0.28 0.46 0.38 0.26—0.50 0.35 0.29—0.38 5D 1373 573.30 0.22 0.41 0.31 0.16—0.50 0.32 0.23—0.38 6A 2315 625.50 0.24 0.49 0.43 0.34—0.50 0.37 0.35—0.38 6B 1305 725.17 0.28 0.45 0.37 0.21—0.50 0.35 0.28—0.38 6D 1330 498.56 0.19 0.45 0.36 0.20—0.50 0.34 0.27—0.38 7A 2407 745.91 0.29 0.48 0.41 0.31—0.50 0.36 0.34—0.38 7B 1332 750.19 0.29 0.45 0.37 0.22—0.50 0.35 0.28—0.38 7D 1354 643.15 0.25 0.44 0.32 0.19—0.50 0.33 0.26—0.38 A基因组A genome 16514 4971.91 0.30 0.44 0.37 0.05—0.50 0.34 0.09—0.38 B基因组 B genome 11490 5279.93 0.46 0.41 0.32 0.05—0.50 0.32 0.09—0.38 D基因组 D genome 8869 4017.01 0.45 0.40 0.30 0.05—0.50 0.31 0.09—0.38 总计Total 36873 14268.85 0.39 0.42 0.33 0.05—0.50 0.32 0.09—0.38