基于SNP标记的小麦籽粒性状全基因组关联分析

张芳,任毅,曹俊梅,李法计,夏先春,耿洪伟

Genome-wide Association Analysis of Wheat Grain Size Related Traits Based on SNP Markers

ZHANG Fang,REN Yi,CAO JunMei,LI FaJi,XIA XianChun,GENG HongWei

表4 SNP-GWAS检测到的产量性状相关位点

Table 4 Loci for grain size related traits in the diversity panel identified by SNP-GWAS

性状 Trait 标记 Marker 染色体 Chr. 位置 Position (Mb) 混合线性模型MLM 环境 Environment 前人报道 Previously reported P值P value 贡献率R2 (%) 千粒重 TKW AX-111669426 1B 375.4 5.94E-04-7.67E-04 10.4—10.5 E1/E4 Xwmc269-Xwmc33[27] AX-111531320 2A 204.5 5.88E-04-8.98E-04 10.3—11.3 E2/E4 AX-109874065 6B 34.0 7.73E-04-9.84E-04 9.7—10.4 E1/E2 TKW-xgwm533[28] AX-110446017 6B 486.1 3.98E-04-7.98E-04 10.3—12.9 E1/E2 QKWpur-6B[24] AX_110368497 [25] AX-110936500 6B 569.4 4.97E-04-6.86E-04 10.5—10.6 E1/E2 AX-109493716 6B 573.6 4.92E-04-6.58E-04 11.0—11.8 E1/E2 粒长 GL AX-94757616 1A 64.6 3.56E-04-7.55E-04 10.7—11.9 E2/E4 AX-111082947 1A 473.7 1.41E-06-9.42E-04 9.9—22.7 E1/E2/E3/E4 AX-94497666 2A 748.4 3.30E-04-7.90E-04 10.3—11.8 E1/E2/E3/E4 TaFlo2[25-26] AX-111614568 7D 13.7—13.9 1.96E-05-2.03E-04 12.9—17.3 E3/E4 TaGS-D1[29] AX-95633409 7D 33.6 4.46E-04-8.05E-04 10.7—11.9 E3/E4 QKLpur-7D.1[24] AX-111197303 7D 47.4—49.2 2.70E-04-8.32E-04 10.9—12.6 E1/E4 QKL.caas-7DS [30] QGw.ccsu-7D.1 [31] 粒宽 GW AX-108948870 3B 24.6 5.20E-04-9.21E-04 10.6—12.2 E1/E4 Kukri_c14642_917[23] AX-179477405 5D 210.6 6.78E-04-8.33E-04 9.6—10.6 E2/E4 粒长宽比 LWR AX-111722425 2A 131.7 1.38E-05-9.53E-04 10.1—18.3 E1/E2/E3/E4 AX-111531320 2A 204.5 3.57E-05-3.28E-04 13.0—17.1 E2/E3 AX-179560109 5A 141.9 1.02E-04-1.08E-04 14.7—15.2 E2/E3 AX-112286258 7B 709.1 1.48E-05-4.09E-04 11.1—19.4 E1/E3 QGlwr.ccsu-7B.1[32] AX-111614568 7D 13.7—13.9 4.98E-05-5.51E-05 10.9—15.9 E1/E4 TaGS-D1[29] AX-158554015 7D 403.7 6.09E-05-6.42E-04 10.8—15.4 E1/E2 籽粒面积 GA AX-95176275 1A 146.6 5.92E-04-9.82E-04 9.9—11.2 E1/E4 AX-179476290 1B 377.4 1.21E-05-8.31E-04 10.0—18.2 E3/E4 qKA1B-1[33] AX-179477117 1D 220.5 1.21E-05-8.31E-04 10.0—18.2 E3/E4 籽粒周长 GC AX-111082947 1A 473.7 1.34E-06-5.56E-04 10.1—22.6 E1/E3/E4 AX-109382284 1A 546.8 2.27E-06-3.55E-04 11.8—21.3 E3/E4 AX-94497666 2A 748.4 7.62E-04-8.68E-04 9.3—10.3 E1/E4 TaFlo2[25,26] AX-111583179 6D 242.7 2.11E-04-5.00E-04 12.0—13.2 E2/E3 AX-111614568 7D 13.7—13.9 1.04E-04-3.72E-04 11.7—14.2 E3/E4 TaGS-D1[29] AX-111197303 7D 47.4—49.2 7.15E-04-8.05E-04 10.0—10.4 E1/E4 QKL.caas-7DS [30] QGw.ccsu-7D.1 [31]