限制性两阶段多位点全基因组关联分析法在遗传育种中的应用
贺建波,刘方东,王吴彬,邢光南,管荣展,盖钧镒

Restricted Two-Stage Multi-Locus Genome-Wide Association Analysis and Its Applications to Genetic and Breeding Studies
JianBo HE,FangDong LIU,WuBin WANG,GuangNan XING,RongZhan GUAN,JunYi GAI
表3 基于大豆NAM群体的五种QTL定位方法特点归纳比较
Table 3 Comparisons of five QTL detection procedures based on soybean NAM population
比较指标
Item
独立分析 Separate mapping 联合分析Joint mapping
CIM[3] MCIM[24] JICIM[25] MLM[26] RTM-GWAS
标记类型
Marker type
BIN BIN SNP SNP SNPLDB
定位原理
Mapping mechanism
连锁定位
Linkage mapping
连锁定位
Linkage mapping
连锁定位
Linkage mapping
关联定位
Association mapping
关联定位
Association mapping
QTL数量
Number of QTLs
8 16 9 7 139
等位基因数量
Number of alleles
2 2 8 2 2~5
遗传贡献率
Genetic contribution (%)
73.2—96.1 48.4—94.5 74.0 40.6 81.7
表型数据类型
Phenotype data
平均数
Entry mean
小区观测值
Single plot
平均数
Entry mean
平均数
Entry mean
小区观测值
Single plot
QTL×环境互作
QTL×Env.
否No 是Yes 否No 否No 是Yes
计算机软件
Software
QTL Cartographer QTLNetwork QTL IciMapping TASSEL RTM-GWAS
命令行界面
Command line
是Yes 否No 否No 是Yes 是Yes
计算平台Platform Windows/Linux Windows Windows Windows/Linux/Mac Windows/Linux/Mac