基于RNA-seq数据的栽培种花生SSR位点鉴定和标记开发

徐志军,赵胜,徐磊,胡小文,安东升,刘洋

Discovery of Microsatellite Markers from RNA-seq Data in Cultivated Peanut (Arachis hypogaea)

ZhiJun XU,Sheng ZHAO,Lei XU,XiaoWen HU,DongSheng AN,Yang LIU

表3 可进行引物设计的特异基因SSR位点统计

Table 3 Statistics of primer design specific gene-associated SSR

染色体 Chromosome SSR位点数Number of SSR loci 对应基因数Number of genes 平均SSR位点密度 Average density of SSR loci 单一位点 Single loci 复合位点 Compound loci 总计 Total 单位点基因 Gene contain single loci 多位点基因 Gene contain multiple loci 总计 Total A01 252 9 261 136 37 217 1.21 A02 170 15 185 145 13 172 1.08 A03 380 17 397 220 53 335 1.19 A04 222 18 240 160 24 212 1.13 A05 314 13 327 179 48 277 1.18 A06 229 11 240 160 26 213 1.13 A07 175 11 186 110 24 160 1.16 A08 255 13 268 146 36 225 1.19 A09 265 16 281 168 35 242 1.16 A10 198 18 216 148 22 193 1.12 B01 273 16 289 177 34 250 1.16 B02 264 15 279 157 36 236 1.18 B03 451 33 484 328 48 430 1.13 B04 323 21 344 169 49 281 1.22 B05 291 15 306 201 33 270 1.13 B06 293 16 309 152 45 253 1.22 B07 281 20 301 190 31 261 1.15 B08 249 15 264 135 39 219 1.21 B09 339 17 356 188 52 298 1.19 B10 309 17 326 182 44 276 1.18 全基因组 Whole genome 5533 326 5859 3451 729 5020 1.17