基于RNA-seq数据的栽培种花生SSR位点鉴定和标记开发

徐志军,赵胜,徐磊,胡小文,安东升,刘洋

Discovery of Microsatellite Markers from RNA-seq Data in Cultivated Peanut (Arachis hypogaea)

ZhiJun XU,Sheng ZHAO,Lei XU,XiaoWen HU,DongSheng AN,Yang LIU

表1 栽培种花生RNA-seq SSR位点分布特征

Table 1 Distribution of RNA-seq SSR locus characteristics in cultivated peanut

重复单元类型 Repeat unit type 基序种类 Motif SSR位点数量 SSR number 比例 Ratio (%) 分布频率 Distribution frequency (%) 优势基序 Dominating motif 基序类型 Motif type 数量 Number 比例 Ratio (%) 单核苷酸 Mononucleotide 4 7513 39.24 14.37 A/T 7334 97.62 二核苷酸 Dinucleotide 12 3926 20.51 7.51 AG/CT 2827 72.01 三核苷酸 Trinucleotide 60 7351 38.40 14.06 AAG/CTT 2276 30.96 四核苷酸 Tetranucleotide 87 305 1.59 0.58 AAAG/CTTT 75 24.59 五核苷酸 Pentanucleotide 39 48 0.25 0.09 AACAC/GTGTT 8 16.67 总计 Total 202 19143 36.62