四倍体野生种花生A.monticola全基因组SSR的开发与特征分析
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王玉龙,黄冰艳,王思雨,杜培,齐飞艳,房元瑾,孙子淇,郑峥,董文召,张新友
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Development and Characterization of Whole Genome SSR in Tetraploid Wild Peanut (Arachis monticola)
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YuLong WANG,BingYan HUANG,SiYu WANG,Pei DU,FeiYan QI,YuanJin FANG,ZiQi SUN,Zheng ZHENG,WenZhao DONG,XinYou ZHANG
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表4 A.monticola A、B亚基因组特异性重复基元类型
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Table 4 A and B subgenome specific motif types in A.monticola genome
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重复基元类型
Motif types | A亚基因组特异重复基元
Specific motifs in A-subgenome | B亚基因组特异重复基元
Specific motifs in B-subgenome | 四核苷酸
Tetra-nucleotide | AACG/CGTT AGCC/CTGG AGCG/CGCT | AAGC/CTTG AGGC/CCTG | 五核苷酸
Penta-nucleotide | ACCTG/AGGTC AGCCT/AGGCT ACGGG/CCCGT
AGCCC/CTGGG ACTGG/AGTCC ACGTC/ACGTG | AACGC/CGTTG AACTT/AAGTT AAGGC/CCTTG ACAGT/ACTGT ACATG/ATGTC ACCGT/ACGGT ACTAG/AGTCT AGCGC/CGCTG AGCGG/CCGCT ATGCC/ATGGC | 六核苷酸
Hexa-nucleotide | AAACCC/GGGTTT AAAGCT/AGCTTT AACAGG/CCTGTT AACCGT/ACGGTT AACGGT/ACCGTT AACGTC/ACGTTG AACGTT/AACGTT AACTCC/AGTTGG AAGTGT/ACACTT AATACC/ATTGGT AATTCG/AATTCG ACACCG/CGGTGT ACATCG/ATGTCG ACCCAG/CTGGGT ACCCAT/ATGGGT ACCTCG/AGGTCG ACGCCG/CGGCGT ACGGAG/CCGTCT ACTCAT/AGTATG ACTCGG/AGTCCG ACTGCC/AGTGGC AGCATG/ATGCTC AGCCCG/CGGGCT AGCCCT/AGGGCT AGCTAT/AGCTAT | AAACGC/CGTTTG AAAGGT/ACCTTT AACGAC/CGTTGT AACGAT/ATCGTT AACTCT/AGAGTT AACTGG/AGTTCC AAGACC/CTTGGT AAGCAT/ATGCTT AAGGCG/CCTTCG AAGGGC/CCCTTG AAGTAC/ACTTGT AATCCG/ATTCGG AATCGC/ATTGCG AATGAC/ATTGTC AATGCG/ATTCGC AATGGT/ACCATT ACAGAT/ATCTGT ACAGGC/CCTGTG ACAGGG/CCCTGT ACATAG/ATGTCT ACATGC/ATGTGC ACCATG/ATGGTC ACCCTG/AGGGTC ACCGAG/CGGTCT ACCTAG/AGGTCT ACGCGG/CCGCGT ACGCTC/AGCGTG ACGTCC/ACGTGG ACTAGG/AGTCCT ACTCTG/AGAGTC ACTGGC/AGTGCC ACTGGG/AGTCCC AGCCAT/ATGGCT AGGCCG/CCTCGG AGGGAT/ATCCCT ATCGGC/ATGCCG |
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