基于簇毛麦No.1026转录组的SSR序列分析及其PCR标记开发

陈竟男,马晓兰,王振,李仕金,谢皓,叶兴国,林志珊

SSR Sequences and Development of PCR Markers Based on Transcriptome of Dasypyrum villosum No.1026

CHEN JingNan,MA XiaoLan,WANG Zhen,LI ShiJin,XIE Hao,YE XingGuo,LIN ZhiShan

表1 Dv#4的EST-SSR构成

Table 1 EST-SSR composition in Dv#4

重复单元大小 Repeat unit size 构成比例 Composition ratio (%) 重复基序（位点数） Repeat motif (locus number) 重复次数 Repeats 单核苷酸Mononucleotide 27.13 A/T(2124)、C/G(724) 10—23 双核苷酸Dinucleotide 18.39 AG/CT(1054)、AC/GT(546)、AT/AT(173)、CG/CG(157) 6—12 三核苷酸Trinucleotide 50.33 CCG/CGG(2201)、AGG/CCT(1003)、AGC/CTG(756)、 ACC/GGT(347)、AAG/CTT(322)、ACG/CGT(265)、ATC/ATG(159)、AAC/GTT(135)、AAT/ATT(48)、 ACT/AGT(47) 5—10 四核苷酸Tetranucleotide 3.75 AGGG/CCCT(46)、ACGC/GCGT (40)、ATCC/ATGG(37)、 AAGG/CCTT(35)、AGGC/GCCT(23)、ACAT/ATGT(21)、 AGCG/CGCT(21)、AAAG/CTTT(20)、AAAT/ATTT(17)、 AGCC/CTGG(16)、ACGG/CCGT(16)、CCCG/CGGG(15)、 AAAC/GTTT(14)、AGAT/ATCT(13)、AATC/ATTG(10)、 CCGG/CCGG(7)、AACC/GGTT(6)、ACAG/CTGT(5)、 AGCT/AGCT(4)、ATCG/ATCG(3)、ACTG/AGTC(3)、 ACTC/AGTG(3)、AATG/ATTC(3)、AAGC/CTTG(3)、 ATGC/ATGC(2)、ACGT/ACGT(2)、ACCG/CGGT(2)、 ACCC/GGGT(2)、AAGT/ACTT(2)、AACG/CGTT(2)、 ACCT/AGGT(1) 5—6 五核苷酸Pentanucleotide 0.34 AGAGG/CCTCT(5)、AGAGC/CTCTG(4)、AAGGG/CCCTT(2) 、ACAGC/CTGTG(2)、ACCAG/CTGGT(2)、AGGCG/CCTCG(2)、 ATCCC/ATGGG(2)、AAAAG/CTTTT(1)、AAACC/GGTTT(1)、 AAACT/AGTTT(1)、AAATC/ATTTG(1)、AAGCT/AGCTT(1)、 AAGGC/CCTTG(1)、AATAC/ATTGT(1)、ACACC/GGTGT(1)、ACCCC/GGGGT(1)、ACCGC/CGGTG(1)、ACGAG/CGTCT(1)、 ACGGC/CCGTG(1)、ACTAG/AGTCT(1)、AGCCC/CTGGG(1)、 AGCCG/CGGCT(1)、AGGGG/CCCCT(1)、ATCCG/ATCGG(1) 5—6 六核苷酸 Hexanucleotide 0.06 AAAGCC/GGCTTT(3)、AAACGC/CGTTTG(1)、AATGCC/ATTGGC(1)、ACCAGC/CTGGTG(1)、ACCAGC/CTGGTG(1) 6—8