建立一种同时鉴别诊断猪瘟病毒(classical swine fever virus, CSFV)、非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASF)和猪非典型瘟病毒(atypical porcine pestivirus, APPV)的快速、灵敏、有效的检测方法。依据GenBank中登录的CSFV (5¢ UTR)、ASFV (B646L) 和 APPV (5¢ UTR) 的高度保守基因序列分别设计和优化了多对特异性引物和Taq-man探针,以保守区基因序列分别制备三种阳性质粒,用矩阵法优化单重/多重荧光PCR的反应体系和条件,为避免荧光通道的交叉干扰多重荧光PCR扩增,结合所标记的荧光报告基团做颜色补偿试验,构建标准曲线的扩增图和对应的线性方程,并进行特异性、敏感性、重复性、符合性以及临床样本的检测等试验。三种病毒的标准曲线相关系数均达到0.995以上,具有良好的线性关系;与其它常见猪病无交叉扩增反应,具有很好的特异性;多重荧光PCR的最低检测量均为1 copy/mL,具有较高的敏感性;组内和组间的变异系数均小于1%,具有很好的重复性。该方法与CSF的国标(GB/T 27540-2011), ASF的国标 (GB/T 18648-2020),APPV的发明专利 (CN108611442A)检测样本盘的22个毒株样本符合率为100%。本研究建立的多重荧光PCR检测方法具有快速、高效、通量高、特异性好、灵敏度高等特点,可以对CSFV、ASFV和APPV病毒进行鉴别检测,为动物疫病的流行病学调查、疫情的检测提供一种新型的检测手段。本研究结合荧光PCR仪不同荧光通道设计CSFV、ASFV和APPV探针荧光信号强度较高且干扰较小的FAM、CY5和HEX报告基团,建立多重荧光PCR检测方法,用于同时鉴别诊断3种主要猪病毒的检测方法,在临床诊断中具有重要的应用价值。