2009年在中国首次发现了柑橘褪绿矮缩病毒(CCDaV),该病毒在云南瑞丽造成柠檬大量发病、减产,损失严重。目前,CCDaV在中国其它柑橘种植省份的发生分布和流行趋势尚不清楚。为了系统掌握CCDaV在中国的发生分布及其分子特性,本研究于2017-2019年,从中国11个柑橘主要生产省份采集了1,772份柑橘样品,通过PCR检测发现,采自广西省、云南省和广东省的134份柑橘样品感染了CCDaV。其中感病品种分别为红宝石蜜柚(50.8%)、泰国青柚(24.0%)、尤力克柠檬(20.8%)、墨西哥莱檬(20.0%)、塔希提莱檬(18.2%)和三红蜜柚(3.2%)。在采集的甜橙、宽皮柑橘、杂柑、枳、葡萄柚和金柑等柑橘类型样品中均没有检测出CCDaV。与前期的研究结果相比,CCDaV在中国的发生区域正在逐步扩大,且感病品种的种类也在增加。此外,CCDaV在红宝石蜜柚、泰国青柚和三红蜜柚新梢上产生的症状较其在尤力克柠檬上更为严重,除产生典型的“V”型叶,叶片扭曲、畸形,黄化外,CCDaV在上述3种柚类品种上还能产生严重的脉明症状。本研究选取了17个CCDaV毒株与GenBank数据库中已知的15个CCDaV毒株进行全系列分析,结果显示CCDaV的序列保守性高,所有 32个CCDaV毒株的核苷酸相似性大约为99%-100%。系统发育树分析表明,CCDaV毒株间的亲缘关系与其采样地和寄主存在相关性。根据地理来源和寄主种类的差异,CCDaV毒株被划分成了4个不同的类群,其中中国和土耳其的CCDaV毒株属于不同的类群。此外,还首次证明中国的CCDaV毒株可能存在多个起源中心,且部分毒株可能来自泰国。本研究结果为明确CCDaV在中国的发生分布、流行规律,以及遗传演化提供了重要的理论依据。