WOX基因家族是植物特有的一类转录因子,该家族基因在植物生长发育过程发挥重要的功能。本研究在全基因组水平共鉴定到18个苹果WOX家族基因,通过构建系统发育树将这些基因分为三类,保守结构域和基因结构分析得到的分类结果与系统发育结果一致。同线性分析结果表明全基因组复制和片段重复在苹果WOX家族扩张中发挥重要作用。通过实时荧光定量分析,发现苹果WOX基因呈现组织特异性表达,同时MdWOX4a, MdWOX4b, MdWOX5b, MdWOX11/12a和MdWOX11/12b可能在不定根发生过程起到重要的作用。通过转基因烟草不定根发生能力分析,表明过表达MdWOX4b基因显著增强不定根发生能力。以上研究为以后进一步研究MdWOX基因在苹果砧木发育中的功能奠定了基础。