JIA-2018-09

2078 SONG Hui et al. Journal of Integrative Agriculture 2018, 17(9): 2074–2081 Table 1 Optimal codons and transfer ribonucleic acid (tRNA) abundance in Medicago truncatula 1) Amino acid Codon 2) tRNA (copy number) High expression RSCU (number) Low expression RSCU (number) Phe TTT* AAA(ND) 1.38 (18 892) 0.93 (10 326) TTC GAA(26) 0.62 (8 414) 1.07 (11 874) Leu TTA* TAA(7) 1.34 (11 882) 0.61 (4 627) TTG* CAA(14) 1.65 (14 638) 1.25 (9 456) CTT* AAG(9) 1.67 (14 771) 1.32 (9 996) CTC GAG(ND) 0.43 (3 779) 1.59 (12 083) CTA* TAG(10) 0.72 (6 359) 0.50 (3 798) CTG CAG(4) 0.19 (1 689) 0.73 (5 498) Ile ATT* AAT(19) 1.58 (19 105) 1.22 (10 003) ATC GAT(ND) 0.50 (6 044) 1.29 (10 569) ATA* TAT(10) 0.92 (11 198) 0.49 (4 065) Met ATG CAT(40) 1.00 (15 239) 1.00 (10 857) Val GTT* AAC(17) 2.02 (17 918) 1.54 (12 384) GTC GAC(3) 0.33 (2 892) 0.93 (7 500) GTA* TAC(7) 0.74 (6 554) 0.42 (3 390) GTG CAC(7) 0.92 (8 138) 1.11 (8 939) Tyr TAT* ATA(1) 1.43 (12 499) 0.99 (6 093) TAC GTA(12) 0.57 (5 005) 1.01 (6 231) His CAT* ATG(ND) 1.56 (10 968) 1.00 (6 231) CAC GTG(17) 0.44 (3 134) 1.00 (6 190) Gln CAA* TTG(17) 1.68 (17 357) 1.12 (8 589) CAG CTG(5) 0.32 (3 251) 0.88 (6 789) Asn AAT* ATT(9) 1.39 (23 259) 0.95 (9 876) AAC GTT(28) 0.61 (10 170) 1.05 (10 973) Lys AAA* TTT(18) 1.23 (24 736) 0.98 (12 716) AAG CTT(16) 0.77 (15 646) 1.02 (13 227) Asp GAT* ATC(ND) 1.62 (22 419) 1.21 (14 607) GAC GTC(28) 0.38 (5 297) 0.79 (9 479) Glu GAA* TTC(19) 1.38 (25 986) 1.06 (13 691) GAG CTC(11) 0.62 (11 745) 0.94 (12 166) Ser AGT* ACT(ND) 1.30 (11 363) 0.70 (4 833) AGC GCT(15) 0.51 (4 436) 0.68 (4 666) TCT* AGA(12) 1.62 (14 165) 1.33 (9 156) TCC GGA(2) 0.39 (3 434) 1.30 (8 987) TCA* TGA(8) 2.05 (17 883) 1.10 (7 582) TCG CGA(2) 0.12 (1 069) 0.89 (6 131) Pro CCT* AGG(7) 1.69 (10 906) 1.18 (8 013) CCC GGG(ND) 0.20 (1 320) 0.75 (5 050) CCA* TGG(11) 2.01 (12 949) 1.03 (6 934) CCG CGG(1) 0.09 (587) 1.04 (7 057) Thr ACT* AGT(10) 1.47 (10 530) 1.06 (7 358) ACC GGT(4) 0.48 (3 457) 1.30 (9 016) ACA* TGT(10) 1.96 (14 026) 0.86 (5 939) ACG CGT(1) 0.09 (625) 0.78 (5 444) Ala GCT* AGC(25) 1.85 (13 436) 1.30 (10 876) GCC GGC(ND) 0.30 (2 206) 0.95 (7 983) GCA* TGC(16) 1.76 (12 788) 0.82 (6 835) GCG CGC(3) 0.08 (557) 0.93 (7 797) Cys TGT* ACA(ND) 1.48 (8 400) 1.06 (4 690) TGC GCA(10) 0.52 (2 966) 0.94 (4 186) Trp TGG CCA(14) 1.00 (8 013) 1.00 (6 161) Arg CGT ACG(12) 0.35 (1 328) 1.24 (5 892) CGC GCG(ND) 0.06 (245) 1.23 (5 862) CGA TCG(5) 0.19 (744) 0.83 (3 924) CGG CCG(3) 0.05 (184) 0.83 (3 942) AGA* TCT(8) 3.77 (14 409) 0.98 (4 657) AGG* CCT(6) 1.57 (5 998) 0.89 (4 204) (Continued on next page)